Este documento describe las funcionalidades del software AVOGADRO, que permite construir y editar moléculas orgánicas e inorgánicas. Explica cómo dibujar átomos y enlaces para crear moléculas, optimizar su geometría, y visualizarlas de diferentes formas. También cubre herramientas para manipular moléculas existentes, seleccionar átomos y fragmentos, y calcular ángulos entre enlaces. El software genera archivos CML para intercambiar información química con otras aplicaciones.

1. Tutorial
AVOGADRO
PRUEBA DE SUFICIENCIA DE COMPUTACION - INFORMATICA

3. En él se pueden construir molécula, tanto orgánicas como inorgánicas, para
posteriormente exportarlas (o sea utilizarlas en otra aplicación) como imagen o
trabajar con ellas en el mismo programa.
Es muy interactivo, una vez puesto un elemento se ajustan
automáticamente los enlaces con Hidrógeno y posteriormente se
pueden ir añadiendo otros elementos, y los enlaces se reajustarán.
Entre otras características tenemos:
Multiplataforma (Linux, Mac y Windows)
Incluye herramientas interactivas.
Visualizador de superficies y orbitales

4. Este software genera un archivo con extensión CML:
Significa Chemical Markup Language (CML), un estándar que se
utiliza para especificar la información química, contiene la
descripción de las estructuras moleculares químicas que se utiliza
para el intercambio
También este programa me permite importar ( o sea
introducir de otras aplicaciones datos o archivos), vínculos de
la web o datos como trayectorias obtenidas en aplicaciones
especificas.

5. La pantalla inicial es la siguiente:

6. MENÚ ARCHIVO
Nuevo
Abrir
Abrir reciente: Una lista de los archivos más recientemente realizados.
Cerrar
Guardar como ...
Volver al fichero guardado
Importación
Archivo de Molécula
Trayectoria ...
Obtener
Traer estructura química ...
Obtener la URL ...
Exportación
Gráficos ...
Guarda un archivo de gráficos de mapa de bits de la escena actual en formato BMP, PNG, JPEG o
GIF.
Graficos Vectoriales..
Guarda un archivo PDF, PostScript, SVG o la versión de la escena actual.
POV-Ray
Guarda un archivo y, opcionalmente, se corre el POV-Ray ray-tracing programa para producir una
imagen de alta calidad adecuada para un cartel o para otros fines.

7. Contenido
MENÚ EDICIÓN
MENÚ EXTENSIONES
(En inglés, recuerden utilizar
Google Chrome o algún
traductor si no maneja el idioma
Inglés)
Cortar
Copiar
Pegar
Borrar
Seleccionar Todo
No seleccionar nada
Propiedades de los ángulos Átomo de Propiedades
Propiedades de bonos
Creación de superficies
GAMESS
Insertar fragmento
Inserte péptido
MOPAC
Mecánica Molecular Propiedades molécula
POV-Ray Configuración
Espectros
Súper Builder celular
Propiedades de torsión
Unidad de la célula
Vibraciones

8. Barra de herramientas:

9. Herramienta de dibujo (F8)
Insertar átomo
Borrar átomo

15. Para la configuración de la aplicación se accederá desde el menú principal a
preferencias de pantalla y se desplegarán las opciones para dibujar :
La herramienta de dibujo es la forma principal
para construir moléculas.
Puede seleccionar el elemento a utilizar en un menú desplegable.
La opción "Otro" aparecerá una tabla periódica completa.
El orden de enlace (simple, doble o triple) se puede configurar en
un menú desplegable.
Si tenemos activado el lápiz haciendo
clic sobre la pantalla, dibujamos el
átomo que seleccionamos, en este caso
oxigeno.

16. •
•
En la barra superior podemos observar un icono que representa un lápiz con el
que podemos dibujar los átomos.
A la derecha de la barra superior podemos ver una ventana que se llama
“preferencia de herramientas”, cuando cliqueamos sobre este icono aparece el
cuadro de configuración del dibujo donde podemos elegir los átomos que van a
ser parte de nuestra molécula, el tipo de enlace y la opción de ajuste de los
hidrógenos.

17. Preferencias de Pantalla
Permite visualizar distintas formas de las
moléculas.
Por ejemplo, distintas visualizaciones de proteínas

18. Ejemplos de preferencias de Pantalla
Ejes
La pantalla ejes añadir X, Y y Z, basada en el origen.
El eje X es rojo.
El eje Y es el azul.
El eje Z es de color verde
Bolas y Varillas
El tipo de representación de bola y varilla es un estándar
para la química.

19. Etiqueta
Mostrar la etiqueta se adjuntará anotaciones
de texto a átomos y enlaces. Ambos átomos y
enlaces serán etiquetados. Las etiquetas de
los objetos van a desaparecer cuando está
demasiado lejos para ser legible.
Polígono
La presentación de polígonos se basará
tetraedros, pirámides, octaedros, etc para los
centros atómicos. Esta opción de
visualización es muy popular en las
estructuras de estado sólido y refleja la
coordinación en torno a centros metálicos.

20. Anillo
El tipo de visualización anillo de color anillos cerrados.
Tres anillos de miembros son de color rojo.
Ciclos de cuatro eslabones son de color verde.
Anillos de cinco miembros son de color azul.
Anillos de seis miembros son de color rosa / púrpura.
Ciclos de siete miembros son de color amarillo.
Esferas Van der Waals
Ilustra todos los átomos como esferas con una
completa radio de Van der Waals.
La opacidad / transparencia de las esferas se pueden
controlar.

21. •
•
Ya estamos en condiciones de armar nuestra molécula, para ello con sólo
colocar los átomos y luego arrastrar con el mouse desde uno de los átomos
hacia el otro podemos generar el enlace entre ellos.
Es importante saber que con el botón izquierdo genero átomos y con el
izquierdo puedo borrarlos. También cliqueando con el botón izquierdo sobre el
enlace puedo cambiar el orden de enlace.

22. •
Ahora estamos en condiciones de optimizar la geometría molecular, para
ello iremos a la opción de la barra que dice “extensiones”, lo desplegamos y
elegimos “optimizar geometría” o desde el teclado de la net utilizar Ctrl + Alt + O.
Y obtendremos el siguiente resultado:

23. • Otra herramienta importante para trabajar es la ventana de la derecha que dice
“preferencia de pantalla”, al desplegar la misma vamos a encontrar distintas
opciones de presentación de la geometría de la molécula tales como:

24. ZOOM
•
La herramienta de navegación nos permite darle movimiento a la molécula
formada como trasladarla de lugar en la pantalla, utilizarla como zoom o
hacerla girar desde el átomo elegido.
ZOOM
GIRA LA MOLÉCULA EN LA
DIRECCION DESEADA
TRASLADA LA MOLÉCULA
DE UN LUGAR A OTRO

25. Supresión
Si encuentra que ha cometido un error o desea eliminar un átomo en particular ,
haciendo clic con el botón derecho sobre el átomo, se suprimirá.
Tenga en cuenta que si "Ajustar Hidrógenos" está activada, no se pueden eliminar los
hidrógenos añadidos , la función de ajustar los hidrógenos ajusta el número de
átomos de hidrógeno de forma automática y por lo tanto, añade el hidrógeno
eliminado de nuevo.
Las construcción de moléculas
Si va a dibujar una molécula más compleja:
Botón izquierdo del ratón sobre un átomo existente, manteniendo el botón del ratón
y arrastrar a otro lugar creará un enlace entre el átomo existente y el nuevo.
Si necesita cambiar un átomo existente, sólo tiene que seleccionar el elemento
deseado y seleccionarlo directamente .

26. Herramientas mas importantes
Alinear molécula: La herramienta de navegación le permite mover la molécula
alrededor de la escena.
Si hacemos clic sobre la molécula:, la rotamos
Si hace clic en un átomo en particular, a continuación, rotación, traslación o
zoom se produce en relación con ese átomo. De lo contrario, la navegación es en
relación con el centro de la molécula.
La herramienta de manipulación de enlace central.
La herramienta le permite manipular para mover átomos individuales o fragmentos
seleccionados en el espacio.
.

27. No siempre las cosas salen bien la primera vez, o tal vez la optimización de
la geometría no le ha dado la geometría que se interese.
Avogadro tiene dos herramientas para ayudar en la manipulación de
moléculas que ya se han elaborado.
Estas son las centradas Bonos manipular herramientas y la herramienta
Manipulación .
Ambos permiten la manipulación de una molécula existente.
Muchas herramientas pueden trabajar ya sea en el átomo de hacer clic en o
en una selección de los átomos.
La herramienta Seleccionar le permite hacer selecciones y luego trabajar en
estas selecciones usando una herramienta diferente. Por ejemplo, un grupo
de cinco átomos se pueden seleccionar con la herramienta de selección y
los átomos se pueden mover mediante la selección de la herramienta de
manipular y hacer clic izquierdo en la selección mientras mueve el ratón
hasta que la configuración deseada

28. Configuraciones de selección de átomosenlaces y moléculas
La herramienta de selección le permite
operar en las secciones de las moléculas.
El modo de selección permite seleccionar
átomos individuales cuando se hace clic, los
residuos biomolecular (por ejemplo,
aminoácidos, ácidos nucleícos) o una
molécula entera .
Haga clic en un átomo o fragmento para
seleccionarlo.
Haga clic en otro átomo o fragmento para
seleccionar y anular la selección de la
primera.
Mantenga presionada la tecla mayúscula para
seleccionar varios átomos o fragmentos.
Mantenga presionada la tecla de control para
cambiar las selecciones.
Arrastre el ratón a través del espacio a
"banda elástica" seleccionar un conjunto de
átomos

29. •
•
•
•
•
•
La herramienta AutoRotate le permite girar continuamente una molécula en el espacio, por
ejemplo, para una presentación.
Hay dos maneras de establecer la rotación:
Haga clic y arrastre en cualquier lugar de la ventana de molécula - Para ello se utilizará una línea
roja. La dirección de la línea determinará la dirección de rotación y la longitud de la línea
determinará la velocidad de rotación. Cuanto más larga sea la línea, más rápida será la
rotación. La rotación se iniciará tan pronto como se suelta el botón del ratón.
Arrastre un control deslizante para rotar a lo largo de la x, y, o eje z. Mueva el control deslizante
hacia la derecha para girar hacia la derecha, se moverá a la izquierda para girar a la
izquierda. Cuanto más lejos mueva el control deslizante, más rápida será la rotación.
Haga clic en la pantalla para poner fin a la rotación.
Haga clic en la molécula para reiniciar la rotación.

30. Cálculo de los ángulos que forman los átomos de la molécula
• El programa nos da la posibilidad de constatar la geometría real de la molécula
y constatar las distancias de sus enlaces, su orientación espacial y los ángulos
que forman.
La herramienta que nos permite visualizar los ángulos se llama “herramienta de
manipulación del enlace central”, se encuentra a lado de la herramienta de
navegación y tiene este icono:
Con sólo activar esta herramienta y
posicionarnos en las distintas partes
de la molécula podemos ver
los ángulos formados

31. •
La herramienta que nos permite medir las distancias de los enlaces es
la herramienta de medición a la cual puedo acceder desde el teclado con F12,
una vez activada con el botón izquierdo puedo seleccionar hasta tres
átomos y con el derecho reiniciar las mediciones

32. Avogadro admite deshacer / rehacer.
Todas las operaciones de dibujar se pueden deshacer y rehacer mediante el uso de
los elementos del menú apropiado en el menú de edición.
Si alguna vez comete un error sólo tiene que seleccionar Editar- Deshacer (o Ctrl +
Z).
Una vez que estemos satisfecho con la molécula que dibujamos , la guardamos
utilizando el Archivo-Guardar como …