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Tutorial Avogadro
Editor y visualizador para representar gráficamente
estructuras moleculares
¿Qué es?
Es un programa editor y visualizador diseñado para representar gráficamente estructuras moleculares.
Estas estructuras son tridimensionales e interactivas y se pueden observar desde prácticamente cualquier
ángulo y utilizando múltiples disposiciones.
URL de descarga:
http://avogadro.openmolecules.net
Consideraciones Pedagógicas
Nivel: Medio
Áreas sugeridas: Química.
Armado de estructuras moleculares y compuestos químicos en 3D e interactivas.
La ventana principal del programa cuenta con las siguientes áreas:
a. Espacio donde se graficarán las moléculas.
b. Barras de herramientas.
1.Herramienta de dibujo
2. Herramienta de navegación
3. Herramienta de manipulación del enlace central
4. Herramienta de manipulación
5. Herramienta de selección
6. Rotación automática
7. Optimización automática
8. Medición
9. Alinear moléculas
Graficar una molécula de ácido sulfúrico H2SO4
Seleccionar en primer lugar la Herramienta de dibujo. Luego presionar el botón Preferencias de
herramientas…
Seleccionar de la lista Elemento, el átomo de Azufre. Pulsar sobre el espacio de dibujo para graficarlo.
Si el elemento que se desea graficar no se encuentra en el listado, elegir la opción Otro… y se abrirá la
tabla periódica.
Índice
En la tabla, presionar sobre el elemento deseado.
Seleccionar el Orden de enlace y tildar la opción Ajustar Hidrógenos.
Índice
Seleccionar el átomo Oxígeno. Para dibujar los átomos de Oxígeno presionar alrededor del átomo de
Azufre las veces que sea necesario. En este ejemplo, cuatro veces.
Índice
Para realizar los enlaces hacer clic con el botón izquierdo del mouse sobre el átomo de Azufre y
desplazarlo hacia el átomo de Oxígeno. Repetir este procedimiento para crear los otros enlaces.
Seleccionar de la lista Elemento, el átomo Hidrógeno. Presionar sobre el espacio de dibujo.
Para realizar los enlaces, hacer clic con el botón izquierdo del mouse desde el átomo de Oxígeno y
desplazarlo hacia el átomo de Hidrógeno.
Í
Borrar una parte del gráfico
Presionar con el botón derecho del mouse sobre el átomo o enlace que se desea eliminar. Éste automáticamente
desaparecerá. Por ejemplo, para borrar un enlace del átomo de Oxígeno al de Hidrógeno, presionar sobre el
enlace con el botón derecho del mouse.
Guardar el gráfico
Presionar el botón Guardar de la barra de herramientas .
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  • 1. Tutorial Avogadro Editor y visualizador para representar gráficamente estructuras moleculares ¿Qué es? Es un programa editor y visualizador diseñado para representar gráficamente estructuras moleculares. Estas estructuras son tridimensionales e interactivas y se pueden observar desde prácticamente cualquier ángulo y utilizando múltiples disposiciones. URL de descarga: http://avogadro.openmolecules.net Consideraciones Pedagógicas Nivel: Medio Áreas sugeridas: Química. Armado de estructuras moleculares y compuestos químicos en 3D e interactivas.
  • 2. La ventana principal del programa cuenta con las siguientes áreas: a. Espacio donde se graficarán las moléculas. b. Barras de herramientas. 1.Herramienta de dibujo 2. Herramienta de navegación 3. Herramienta de manipulación del enlace central 4. Herramienta de manipulación 5. Herramienta de selección 6. Rotación automática 7. Optimización automática 8. Medición 9. Alinear moléculas
  • 3. Graficar una molécula de ácido sulfúrico H2SO4 Seleccionar en primer lugar la Herramienta de dibujo. Luego presionar el botón Preferencias de herramientas… Seleccionar de la lista Elemento, el átomo de Azufre. Pulsar sobre el espacio de dibujo para graficarlo. Si el elemento que se desea graficar no se encuentra en el listado, elegir la opción Otro… y se abrirá la tabla periódica. Índice
  • 4. En la tabla, presionar sobre el elemento deseado. Seleccionar el Orden de enlace y tildar la opción Ajustar Hidrógenos. Índice
  • 5. Seleccionar el átomo Oxígeno. Para dibujar los átomos de Oxígeno presionar alrededor del átomo de Azufre las veces que sea necesario. En este ejemplo, cuatro veces. Índice Para realizar los enlaces hacer clic con el botón izquierdo del mouse sobre el átomo de Azufre y desplazarlo hacia el átomo de Oxígeno. Repetir este procedimiento para crear los otros enlaces.
  • 6. Seleccionar de la lista Elemento, el átomo Hidrógeno. Presionar sobre el espacio de dibujo. Para realizar los enlaces, hacer clic con el botón izquierdo del mouse desde el átomo de Oxígeno y desplazarlo hacia el átomo de Hidrógeno.
  • 7. Í Borrar una parte del gráfico Presionar con el botón derecho del mouse sobre el átomo o enlace que se desea eliminar. Éste automáticamente desaparecerá. Por ejemplo, para borrar un enlace del átomo de Oxígeno al de Hidrógeno, presionar sobre el enlace con el botón derecho del mouse. Guardar el gráfico Presionar el botón Guardar de la barra de herramientas . Compilado por : William Molina.