Este documento describe la tecnología de secuenciación de tercera generación MinION de Oxford Nanopore. Explica brevemente la historia de la secuenciación nanopore y cómo funciona la tecnología. También resume los primeros resultados obtenidos al secuenciar el veneno de la serpiente Bothrops atrox usando MinION, incluyendo gráficos de longitud de lectura y dot-plot. El objetivo final es secuenciar el veneno de otra serpiente, Echis ocellatus.

1. OXFORD NANOPORE: MinION
SECUENCIACIÓN DE TERCERA GENERACIÓN
Bothrops atrox
Unidad de Venómica Estructural y Funcional

2. ¿SECUENCIACIÓN DE TERCERA GENERACIÓN?
MinION?
3/9/2017 2
Unidad de Venómica Estructural y Funcional

3. El Genetista, El Químico y El Biólogo 3
Unidad de Venómica Estructural y Funcional
George Church David Deamer Daniel Branton

4. UN POCO DE HISTORIA
(Deamer, et al. 2015 Nature Biotchnology, Volumen 34, pag 519)
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Unidad de Venómica Estructural y Funcional

5. Hitos de la secuenciación nanopore
(Deamer, et al. 2015 Nature Biotchnology, Volumen 34, pag 519)
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Unidad de Venómica Estructural y Funcional

6. ¿CÓMO FUNCIONA?
6
(Deamer, et al. 2015 Nature Biotchnology, Volumen 34, pag 519)
Unidad de Venómica Estructural y Funcional

7. CONSTRUCCIÓN DE LA LIBRERÍA 7
Unidad de Venómica Estructural y Funcional
(Jain et al. Nature Methods 2015.)

8. TECNOLOGÍA EN DESARROLLO
MinION(2015)
MinION
MkIB(2016)
8
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α-Hemolisina
(Exp)
MspA (R7) MspA (R7)HOLEY GRAIL(R9)
MinION
MAP(2014)
(Deamer, et al. 2015 Nature Biotchnology, Volumen 34, pag 519)

9. OUTPUT
.fast5
.fasta
.fastq
https://www.hdfgroup.org/
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10. HERRAMIENTAS PARA FORMATO FAST5
10
(Hengyun Lu, et al Oxford Nanopore MinION Sequencing and Genome Assembly, 2016)
Unidad de Venómica Estructural y Funcional

11. 11
Unidad de Venómica Estructural y Funcional
APLICACIONES

12. PARTIMOS DE:
12
Unidad de Venómica Estructural y Funcional
Bothrops atrox

13. 13NUESTRO TRABAJO HASTA EL MOMENTO
Unidad de Venómica Estructural y Funcional
Frequency
Read length
Bothrops atrox

14. PRIMEROS RESULTADOS 14
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15. PRIMEROS RESULTADOS
3/9/2017 15
Unidad de Venómica Estructural y Funcional

16. SecuenciadeReferencia
Secuencia de Interés
Grafico de Dot-Plot
PRIMEROS RESULTADOS
3/9/2017
16Unidad de Venómica Estructural y Funcional

17. NUESTRO OBJETIVO
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Echis ocellatus

18. AGRADECIMIENTOS:
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Unidad de Venómica Estructural y Funcional
Unidad de Venómica Estructural y Funcional
Unidad de Genética molecular