La Comisión de Derechos Humanos del Estado de México investiga quejas o presuntas violaciones a derechos humanos cometidas por autoridades estatales o municipales, ya sea por acción u omisión. También puede iniciar investigaciones contra autoridades que toleren, consientan o se nieguen a ejercer sus funciones cuando esto dé lugar a violaciones a derechos humanos. La razón de ser de esta comisión es atender a las personas que acuden con problemas, recibiendo un promedio de 5,666 quejas anuales durante el periodo 2000-2008.