El municipio de San Francisco del Alto Putumayo fue fundado en 1905 por fray Lorenzo de Pupiales. Ubicado en la parte noroeste del departamento de Putumayo a 2100 m.s.n.m., su economía se basa principalmente en la agricultura de frijol bolón escala, hortalizas y papa, así como la ganadería lechera. Su bandera representa los colores del cielo, los habitantes y la riqueza natural, mientras que su escudo hace alusión a la calidez humana mediante círculos rojos y blanc