La herramienta Bioinformatics Toolbox de MATLAB proporciona 3 herramientas principales para el análisis de datos biológicos a nivel molecular: 1) Phylogenetic tree para construir árboles filogenéticos que muestren las relaciones evolutivas entre especies, 2) Molecule viewer para visualizar la estructura de moléculas como el ADN, y 3) Banco de datos para acceder a bases de datos biológicas.