Application of the 3D Slicer software in the Study of the
Brain’s Ventricular System
Miguel Gonzalo Domínguez
Existen varios tipos de programas que permiten la
edición de imágenes médicas
• OsiriX
• Amira
• Analyze
• FreeSurfer
• Siena
• FIRST
• BrainMagix
• CIVET
• TOADS
• 3D Slicer…..
3D Slicer
Elegimos el 3d Slicer por su interfaz intuitiva y a que presenta un perfil de trabajo
amplio que se ajustaba con facilidad a su empleo con el sistema ventricular.
Permite además una fácil correlación de las imágenes reconstruidas con las
Imágenes de referencia en los diferentes planos utilizados.
3D Slicer
• Software gratuito de código abierto
• Instalable en los tres sistemas operativos mayoritarios: Windows, Linux y Mac.
• A diferencia de otros programas de libre distribución incorpora un conversor
de imágenes DICOM, que permite trabajar directamente con este formato.
• Compatible con la mayoría de equipos de RM
PHILIPS:
• Achieva 2.1.3.6
• Achieva 2.5.3.0
• Achieva 2.5.3.3
• Achieva 2.6.1.0
• Achieva 2.6.3.4
• Intera 2.1.3.6
• Intera 2.6.3.5
Siemens:
• Trio B13
• Trio B15
• Trio B17
• Verio B15V
GE
• Signa HDx14.0
• Signa HDxt 15.0
• DVMR 20.0M4
• DVMR 20.1
3D slicer
• Visualizar, editar y trasformar volúmenes de imágenes
para la obtención de todo tipo de reconstrucciones,
desde la reconstrucciones sencillas multiplanares hasta la
obtención de procesos tan complejos como la
tractografía, la reconstrucciones de superficie o la
combinación de varios tipos de resultados.
• Permite implementar Plug-ins de acceso libre que
realizan tareas específicas orientadas a diferentes tipos
de resultados.
Objetivos
• Extender el software 3D Slicer para realizar una
descripción morfológica y volumétrica del sistema
ventricular cerebral.
• Conocer las diferentes posibilidad que puede
aportar al estudio de este campo.
Metodología
• Software: 3D Slicer 4.4.0.
• Pacientes incluidos: 452; 279 mujeres y 173 hombres
1. Equipo de RM Signa Excite de 1,5 Tesla General Electrics instalado en el
complejo Asistencial de Zamora.
2. Equipo de RM Achieva 3.0T XT de 3 Tesla Philips perteneciente al Hospital
Clínico Universitario de Valladolid.
3D FIESTA, 3D T2 FLAIR Y T1 3D FSPGR
Segmentación
• Manual
• Automática.
Segmentación manual
1. Efecto Pincel
2. Efecto Dibujo
3. Efecto “varita mágica”
4. Seguimiento de Nivel
5. Selección rectangular
6. Selección de Isla
7. Inversión de Isla
8. Eliminación de la Isla
9. Guardar Isla
10. Efecto de erosión
11. Efecto de dilatación
12. Ajuste de ventana
1 2 3 4 5 6 7 8 9
10 11 12
Segmentación manual con pincel
Segmentacion manual con selección de ventana de intensidad de señal
Segmentación automática
Fast GrowCut effect
Resultados
Discusión
• FUTURO ==> Más innovaciones en la visualización y el procesado de
imágenes no dependientes de plataformas o sistemas operativos.
Desarrollo de nuevos equipos de adquisición de
imagen de alta definición.
Desarrollo de hardware de visualización y de
trabajo.
Desarrollo de software que se ajuste a los avances
que se van desarrollando.
Conclusiones
• El desarrollo tridimensional del sistema ventricular ofrece un visualización
más realista, lo que lo transforma en una poderosa herramienta para la
interpretación del mismo, muy superior a las representaciones 2D.
• Útil en la correlación radiopatológica, en la planificación de abordajes y en
el establecimiento de las relaciones topográficas.

Application of the 3D Slicer software in the Study of the Brain’s Ventricular System

  • 1.
    Application of the3D Slicer software in the Study of the Brain’s Ventricular System Miguel Gonzalo Domínguez
  • 2.
    Existen varios tiposde programas que permiten la edición de imágenes médicas • OsiriX • Amira • Analyze • FreeSurfer • Siena • FIRST • BrainMagix • CIVET • TOADS • 3D Slicer…..
  • 3.
    3D Slicer Elegimos el3d Slicer por su interfaz intuitiva y a que presenta un perfil de trabajo amplio que se ajustaba con facilidad a su empleo con el sistema ventricular. Permite además una fácil correlación de las imágenes reconstruidas con las Imágenes de referencia en los diferentes planos utilizados.
  • 4.
    3D Slicer • Softwaregratuito de código abierto • Instalable en los tres sistemas operativos mayoritarios: Windows, Linux y Mac. • A diferencia de otros programas de libre distribución incorpora un conversor de imágenes DICOM, que permite trabajar directamente con este formato. • Compatible con la mayoría de equipos de RM PHILIPS: • Achieva 2.1.3.6 • Achieva 2.5.3.0 • Achieva 2.5.3.3 • Achieva 2.6.1.0 • Achieva 2.6.3.4 • Intera 2.1.3.6 • Intera 2.6.3.5 Siemens: • Trio B13 • Trio B15 • Trio B17 • Verio B15V GE • Signa HDx14.0 • Signa HDxt 15.0 • DVMR 20.0M4 • DVMR 20.1
  • 5.
    3D slicer • Visualizar,editar y trasformar volúmenes de imágenes para la obtención de todo tipo de reconstrucciones, desde la reconstrucciones sencillas multiplanares hasta la obtención de procesos tan complejos como la tractografía, la reconstrucciones de superficie o la combinación de varios tipos de resultados. • Permite implementar Plug-ins de acceso libre que realizan tareas específicas orientadas a diferentes tipos de resultados.
  • 6.
    Objetivos • Extender elsoftware 3D Slicer para realizar una descripción morfológica y volumétrica del sistema ventricular cerebral. • Conocer las diferentes posibilidad que puede aportar al estudio de este campo.
  • 7.
    Metodología • Software: 3DSlicer 4.4.0. • Pacientes incluidos: 452; 279 mujeres y 173 hombres
  • 8.
    1. Equipo deRM Signa Excite de 1,5 Tesla General Electrics instalado en el complejo Asistencial de Zamora. 2. Equipo de RM Achieva 3.0T XT de 3 Tesla Philips perteneciente al Hospital Clínico Universitario de Valladolid.
  • 9.
    3D FIESTA, 3DT2 FLAIR Y T1 3D FSPGR
  • 10.
  • 11.
    Segmentación manual 1. EfectoPincel 2. Efecto Dibujo 3. Efecto “varita mágica” 4. Seguimiento de Nivel 5. Selección rectangular 6. Selección de Isla 7. Inversión de Isla 8. Eliminación de la Isla 9. Guardar Isla 10. Efecto de erosión 11. Efecto de dilatación 12. Ajuste de ventana 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12
  • 12.
    Segmentación manual conpincel Segmentacion manual con selección de ventana de intensidad de señal
  • 13.
  • 14.
  • 17.
  • 27.
    Discusión • FUTURO ==>Más innovaciones en la visualización y el procesado de imágenes no dependientes de plataformas o sistemas operativos. Desarrollo de nuevos equipos de adquisición de imagen de alta definición. Desarrollo de hardware de visualización y de trabajo. Desarrollo de software que se ajuste a los avances que se van desarrollando.
  • 28.
    Conclusiones • El desarrollotridimensional del sistema ventricular ofrece un visualización más realista, lo que lo transforma en una poderosa herramienta para la interpretación del mismo, muy superior a las representaciones 2D. • Útil en la correlación radiopatológica, en la planificación de abordajes y en el establecimiento de las relaciones topográficas.

Notas del editor

  • #10 Signa de General Electrics Adquisición de imágenes DICOM 3.0. Secuencias 3D FIESTA, 3D FLAIR Y T1 3D FSPGR.