las bases de datos biologicas

1. Bases de datos
biológicas(secundarias)

2. Las bases de datos secundarias contienen información derivada de bases de datos
primarias, las bases de datos secundarias almacenan información, como
secuencias conservadas, residuos de sitios activos y secuencias de firmas, los
datos del banco de datos de proteínas se almacenan en bases de datos
secundarias.

3. La base de datos SCOP es una clasificación jerárquica integral generada
manualmente de estructuras de proteínas conocidas, organizado en función de sus
relaciones evolutivas estructurales, la base de datos se divide en cuatro niveles
jerárquicos: clase, fold, superfamilia de proteínas presenta un probable origen
evolutivo común, una familia de proteínas presenta un relación evolutiva clara.
SCOP (base de datos)

5. La base de datos CATH es un recurso en línea gratuito y disponible
públicamente que proporciona información sobre las relaciones evolutivas de
los dominios de proteínas. Fue creado a mediados de la década de 1990 por
la profesora Christine Orengo y colegas como Janet Thornton y David Jones,y
continúa siendo desarrollado por el grupo Orengo en el University College de
Londres. CATH comparte muchas características generales con el recurso
SCOP, sin embargo, también hay muchas áreas en las que la clasificación
detallada difiere mucho.
CATH

7. PROSITE es una base de datos de familias y dominios de proteínas creada por Amos Bairoch en 1988, 1​2​
Consiste en entradas que describen dominios, familias y sitios funcionales así como patrones de aminoácidos.
Estos son manualmente verificados por un equipo del Instituto Suizo de Bioinformática e integrado con la base
de datos de Swiss-Prot.
Sus usos incluyen la identificación de posibles funciones de las proteínas recientemente descubiertas y el
análisis de aquellas ya conocidas pero con actividades previamente desconocidas. PROSITE ofrece
herramientas para el análisis de secuencias de proteínas y detección de motivos de proteínas; es parte de los
servidores de análisis de proteómica de ExPASy.
La base de datos ProRule se basa en las descripciones de dominio de PROSITE.3​ Esta proporciona
información adicional acerca de funcionalidades o de aminoácidos estructuralmente críticos. Las reglas
contienen información sobre los residuos biológicamente significativos, como sitios activos, sitios de unión a
sustrato o cofactores, modificaciones postraduccionales o enlaces disulfuro, para ayudar a determinar la
función. Estas pueden automáticamente generar anotaciones basados en los motivos de PROSITE.
PROSITE del Instituto Suizo de
Bioinformática

8. Herramientas de software
SIB desarrolla y suministra software para la comunidad mundial de
investigación en ciencias de la vida, como SWISS-MODEL (modelado de
homología de estructuras de proteínas), SwissDrugDesign (diseño de
fármacos asistido por computadora), Melanie ( plataforma de análisis de gel
2D ), MSight ( imágenes y análisis LC-MS software ), OMA (Orthology Matrix),
V-pipe (canalización de genómica viral), DeepView / Swiss-PdbViewer
(visualización, modelado y análisis de proteínas) y utilidades Newick
(procesamiento de árboles filogenéticos de alto rendimiento).

9. eMOTIF en Stanford
eMOTIF-SCAN es un programa que utiliza la herramienta agrep que soporta
patrones aproximados y expresiones regulares contra la bases de datos de motivos de
prote´ınas de eMOTIF. Patmtach tiene una ventaja sobre eMOTIF, ya que utiliza
Nrgrep que fue mostrado como la herramienta más rápida para búsqueda de cadenas
Los programas fuzznuc y fuzzpro disponibles en EMBOS4
(European Molecular Biología Open Source Software Suite) provee búsqueda de patrones
para secuencias de
proteínas y de nucleótidos. El inconveniente es que estos dos programas no soportan
repeticiones para grupos de nucleótidos o amino ácidos. Esta era una característica
deseada de Pat Match y fue una razón por la fue elegido Negreo sobre fuzznuc y fuzzpro

10. Journey