Este documento describe los sistemas de información en bioinformática. Explica que los sistemas de información son conjuntos de elementos como hardware, datos, software y procedimientos que administran información de manera organizada. Luego describe varios tipos de bases de datos bioinformáticas como las de nucleótidos, proteínas y microarrays que almacenan y proveen acceso a enormes cantidades de información genómica y otros datos biológicos. Finalmente, enfatiza que los sistemas de información deben brindar estructuras robustas y flexibles para gest

1. SISTEMAS DE
INFORMACIÓN
CARLOS RODRIGUEZ
JONATHAN NARVAEZ

2. ¿Que Es?
Los sistemas de información son un conjunto de elementos que administran
información y organizados de una manera acorde a la organización cubren
necesidades y/o objetivos.

3. Elementos de un Sistema de Información
Hardware
Datos
Recurso Humano
Software
Procedimientos

4. Clasificación de los SI

5. Información en la era genómica
 El proyecto genoma humano y similares genera
un inmenso flujo de información
 Para poder utilizar esta información, ha de estar
almacenada correctamente
 El acceso a la información almacenada ...
 Ha de ser rápido
 Debe poder hacerse de manera flexible
 Esto es posible gracias a la creación de bases
de datos y distribución vía Internet.
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6. Para que se utilizan las bases de
datos ?
 Búsqueda de información.
 Por palabra clave, números de acceso, autores...
 Búsqueda de homologías
 ¿Hay secuencias igual o parecidas a la mía ?
 Búsqueda de patrones
 ¿Mi secuencia contienen patrones conocidos?
 Predicciones
 ¿Puedo encontrar proteínas parecidas a la mía,
pero con función conocida?
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7. Aspectos a tener en cuenta
 Los proveedores de recursos
 Centros o organizaciones especializadas en tener y
mantener las bases de datos.
 Bases de datos
 Hay mucha variedad y contiene información
diversa
 Las herramientas
 Para encontrar información en las BD
 Para contrastar secuencias contra las BD
 Para exportar la información
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8. Principales proveedores de recursos
 El National Center for Biotechnology Information
(NCBI) centraliza los bancos de datos y
aplicacions de EEUU
 El European Bioinformatics Institute (EBI) realiza
una función similar en Europa
 GenomeNet reune bases de datos diversas en
Japón
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9. Principales bases de datos
en Bioinformática

10. Tipos de bases de datos
 Existen cientos de BD en número tan elevado que no es
práctico enumerarlas (aunque aquí lo intentan)
 Por el tipo de información que contienen distinguimos
 Bases de datos bibliográficas
 Bases de datos taxonómicas
 Bases de datos de nucleótidos
 Bases de datos genómicas
 Bases de datos de proteinas
 Bases de datos de microarrays
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11. Bases de datos bibliográficas
 Organización de los artículos publicados en la revistas
de ámbito científico.
 Pubmed (NCBI)
 Medline (EBI)
 Biocatalog: organización de los artículos por temáticas
concretas de biología molecular.
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12. Bases de datos taxonómicas
 Son BD que contienen información sobre la clasificación
de los seres vivos
 Esta clasificación es básicamente jerárquica y basada
en información molecular
 Pretende clasificar cualquier organismo del que se
posea como mínimo una secuencia de acidos
nucléicos
 Como puede suponerse el proyecto no está libre de
controversia debido a las visiones diferentes que existen
en la comunidad taxonómica
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13. Bases de datos de nucleótidos
 Las bases de datos de ácidos nucleicos reciben las
secuencias de los laboratorios experimentales y las
organizan haciéndolas accesibles a diario a toda la
comunidad científica
 Existen varias BD que intercambian diariamente su
contenido
 Genbank (NCBI)
 EMBL (EBI)
 KEGG (Genome net)
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14. Bases de datos de genomas
 Se encargan de mantener y actualizar las secuencias
y las anotaciones de genomas completos.
 Ensembl (EBI)
 Genome viewer (NCBI)
 Goldenpath (UCSC)
 Existen también recursos genómicos especializados
 Transfact: sitios de unión a factores de transcripción.
 EST: Expressed Sequence Tags
 UTRDB: Untranslated regions
 SpliceSitesDB: Pares de señales de splicing
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15. Bases de datos de proteínas
 Secuencias primarias de aminoácidos
 Sin revisión humana
Trembl (EBI)
nr (NCBI)
 Con revisión de la anotación
Swisprot (EBI)
 Bases de datos de proteomas
Proteome analysis (EBI)
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16. Proteínas (II)
 Estructuras secundarias o dominios. Varían según
la fuente de las proteínas y el análisis que se
realiza sobre ellas.
 BLOCKS: Motivos alineados de PROSITE/PRINTS
 PROSITE: Expresiones regulares sobre Swiss-prot
 PRINTS: Conjunto de motivos que definen una familia sobre
Swiss-prot/TrEMBL
 PFAM: Modelos de Markov sobre Swiss-prot
 INTERPRO: Integra la información de muchas bases de datos
de dominios.
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17. Proteínas (III)
 Estructuras tridimensionales de macromoléculas
con las coordenadas en el espacio de cada
átomo.
 PDB: Base de datos principal de estructuras
tridimensionales
 CATH: Clasificación de PDB en diferentes grupos
funcionales y estructurales
 MMDB: subset de PDB mantenido por NCBI
 MSD: subset de PDB mantenido por EBI
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18. Bases de datos de microarrays
 Bases de datos con las imágenes y
resultados obtenidos por arrays de
expresión.
ArrayExpress (EBI)
 Riken Expression Array Database
 Eisen Laboratory (Lawrence Berkeley National
Lab)
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19. El formato de la
información
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20. Estructura de las BD
 La calidad de la información en una base de
datos, está muy relacionas con su estructura
 Este aspecto también es crucial para su eficiencia
y accesibilidad .
 En la actualidad no existe ningún formato único y
estándar, usualmente cada base de datos
impone su propio formato.
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21. SI en Bioinformática
● Systems Biology Markup Language (SBML) es un formato legible por
ordenador para representar los modelos de reacciones bioquímicas. es
aplicable a las redes metabólicas, las vías de señalización celular, redes de
regulación genómica, y muchas otras áreas de la biología de sistemas.
● Modeler’s Notebook and Datastore (MONOD)Es un paquete de software
de código abierto para la organización de los conocimientos biológicos.
● Laboratory Information Management System (LIMS)

22. LIMS
Es un conjunto de herramientas basadas en sistemas
informáticos que permite la adquisición y gestión de
toda la información generada en el laboratorio.

23. Por qué un LIMS
● Volumen de Datos
● Restricción al acceso en la entrada y/o visualización de datos.
● Control automático de la validez de los datos entrados.
● Conexión con los instrumentos del laboratorio.
● Uso de Códigos de Barras
● Cálculos automáticos
● Generación automática de informes y gráficos sin necesidad de
escribir información de nuevo.
● Chequeo automático de especificaciones

24. Beneficios
● Acceso rápido a la
Información
● Reducir trabajo manual
● Reducción de errores
● Mejoramiento de la
productividad
● Integración con otros sistemas
● Reducción en la transcripción
de Información
● Validaciones Automáticas
● Mejoramiento en la
generación de reportes y su
respectivo Analisis

25. Aplicaciones
Principalmente en laboratorios de Investigación Cientifica
● Industria Farmacéutica
● Biotecnología
● Ciencias de la Vida
Los LIMS suelen manejar información relacionada con
● Fuentes de Información
● Metodos de Analisis
● Pruebas
● Resultados
● Parametrizaciones
● Mecanismos de Control

26. Conclusión
● El activo más importante en las organizaciones
actualmente es la información, la cual representa
el conocimiento y el desarrollo.
● Un sistema de información debe tener total
disponibilidad de información brindado una
estructura robusta y flexible preparada para
futuros cambios.