R Commander es una interfaz gráfica que facilita el análisis estadístico a través de menús desplegables. Aunque permite operaciones sin código R, escribe el código en una ventana para que el usuario lo aprenda. Su instalación requiere 4 pasos e incluye la descarga de paquetes adicionales. Una vez cargado, R Commander presenta 4 partes principales: el menú, la ventana de instrucciones, la de resultados y la de mensajes.