Las focas arpa enfrentan varias amenazas, principalmente la cacería indiscriminada permitida por el gobierno de Canadá, donde los pescadores matan anualmente cerca de 350,000 cachorros por su piel y aceite. El calentamiento global también está aumentando la tasa de mortalidad de los cachorros. A pesar de las protestas, Canadá continúa aprobando cuotas de caza masivas que amenazan la supervivencia de la especie.