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GUÍA RÁPIDA DEL PROGRAMA
ImageJ/Fiji 1,46
Programa de análisis de imagen.
Curso Intensivo de Postgrado. UACH. México 2018. Fernando González Andrés.
2
Curso Intensivo de Postgrado. UACH. México 2018. Fernando González Andrés.
3
1. ABRIR UNA IMAGEN YAALMACENADA EN FORMATO jpeg (jpg).
. Pg. 5
2. CALIBRACIÓN DE LAS MEDIDAS ESPACIALES Pg. 6
3. . BINARIZAR LA IMAGEN Pg. 7
4. ANALIZAR LOS PARÁMETROS MORFOMÉTRICOS Pg. 11
4.1. Seleccionar el tipo de análisis que se pretenden realizar Pg. 11
4.2. Ejecutar el análisis Pg. 12
5. RECUPERAR LOS DATOS *.csv EN UN ARCHIVO DE EXCEL Pg. 16
6. REALIZAR LAS MEDIDAS MANUALES Pg.
Curso Intensivo de Postgrado. UACH. México 2018. Fernando González Andrés.
4
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5
1. ABRIR UNA IMAGEN YAALMACENADA EN FORMATO jpeg (jpg).
Curso Intensivo de Postgrado. UACH. México 2016 Fernando González Andrés.
Se recomienda utilizar imágenmes que hayan
sido guardadas en formato *.jpg
Una vez seleccionado el archivo, el aspecto
que tiene la imagen que se abre es la que
figura en la imagen de la derecha
6
2. CALIBRACIÓN DE LAS MEDIDAS ESPACIALES.
Señalar la “línea recta” en le menú de botones y dibujar una línea de longitud conocida,
basándose de la regla que se ha fotografiado en la imagen.
A continuación en el menú desplegable Analyze señalar Set Scale. Indicar la distancia que
previamente se la dibujado sobre la regla, las unidades en que está medida y señalar “Global”
para que utilice esa calibración en todas las mediciones
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3. BINARIZAR LA IMAGEN
3.1. El primer paso es cambiar el tipo de imagen a imagen en blanco y negro de 8 bit
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3.2. Para binarizarla seleccionar la siguiente ruta en el menú desplegable
Process  Binary  Make Binary
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Curso Intensivo de Postgrado. UACH. México 2018. Fernando González Andrés.
3.3. Si la binarización automática no señala correctamente los elementos que se pretenden
analizar, será necesario definir el umbral para el proceso de binarización de manera manual
Con esta opción se elige los valores de la escala de grises (0 a 256) que tras la binarización pasan a
ser negros y los que pasan a ser blancos
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Curso Intensivo de Postgrado. UACH. México 2018. Fernando González Andrés.
La imagen superior indica la distribución de los niveles de grises en la fotografía.
Desplazando el deslizador superior se señalará el límite inferior de la escala de grises
que quedará seleccionado, y desplazando el inferior se señalará el límite superior
Deslizador que
fija el límite
inferior
Deslizador que
fija el límite
superior
11
4. ANALIZAR LOS PARÁMETROS MORFOMÉTRICOS
4.1. Seleccionar el tipo de análisis que se pretenden realizar
Analyze →Set Measurments
Curso Intensivo de Postgrado. UACH. México 2018. Fernando González Andrés.
Se recomienda seleccionar los que se presentan en la figura
El apartado “Shape descriptors” incluye los factores de forma
12
4.2. Ejecutar el análisis
E primer lugar se selecciona la forma “rectángulo” y se señalan los elementos del archivo de
imagen binarizado, que se pretenden analizar
Curso Intensivo de Postgrado. UACH. México 2018. Fernando González Andrés.
13
A continuación en el menú desplegable “Analyze” se elige la siguiente opción:
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Curso Intensivo de Postgrado. UACH. México 2018. Fernando González Andrés.
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Además es muy importante indicar al programa que muestre los resultados
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Curso Intensivo de Postgrado. UACH. México 2018. Fernando González Andrés.
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resultados, que se puede guardar en formato *.csv
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Curso Intensivo de Postgrado. UACH. México 2018. Fernando González Andrés.
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6. REALIZAR LAS MEDIDAS MANUALES
Señalar en la barra de botones superior el tipo de medida que se quiere realizar y
posteriormente tomar la media en la imagen
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Curso Intensivo de Postgrado. UACH. México 2018. Fernando González Andrés.
18
Curso Intensivo de Postgrado. UACH. México 2018. Fernando González Andrés.
19
Cada medición que se realiza se va añadiendo de forma automática a la base
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  • 1. 1 GUÍA RÁPIDA DEL PROGRAMA ImageJ/Fiji 1,46 Programa de análisis de imagen. Curso Intensivo de Postgrado. UACH. México 2018. Fernando González Andrés.
  • 2. 2 Curso Intensivo de Postgrado. UACH. México 2018. Fernando González Andrés.
  • 3. 3 1. ABRIR UNA IMAGEN YAALMACENADA EN FORMATO jpeg (jpg). . Pg. 5 2. CALIBRACIÓN DE LAS MEDIDAS ESPACIALES Pg. 6 3. . BINARIZAR LA IMAGEN Pg. 7 4. ANALIZAR LOS PARÁMETROS MORFOMÉTRICOS Pg. 11 4.1. Seleccionar el tipo de análisis que se pretenden realizar Pg. 11 4.2. Ejecutar el análisis Pg. 12 5. RECUPERAR LOS DATOS *.csv EN UN ARCHIVO DE EXCEL Pg. 16 6. REALIZAR LAS MEDIDAS MANUALES Pg. Curso Intensivo de Postgrado. UACH. México 2018. Fernando González Andrés.
  • 4. 4 Curso Intensivo de Postgrado. UACH. México 2018. Fernando González Andrés.
  • 5. 5 1. ABRIR UNA IMAGEN YAALMACENADA EN FORMATO jpeg (jpg). Curso Intensivo de Postgrado. UACH. México 2016 Fernando González Andrés. Se recomienda utilizar imágenmes que hayan sido guardadas en formato *.jpg Una vez seleccionado el archivo, el aspecto que tiene la imagen que se abre es la que figura en la imagen de la derecha
  • 6. 6 2. CALIBRACIÓN DE LAS MEDIDAS ESPACIALES. Señalar la “línea recta” en le menú de botones y dibujar una línea de longitud conocida, basándose de la regla que se ha fotografiado en la imagen. A continuación en el menú desplegable Analyze señalar Set Scale. Indicar la distancia que previamente se la dibujado sobre la regla, las unidades en que está medida y señalar “Global” para que utilice esa calibración en todas las mediciones Curso Intensivo de Postgrado. UACH. México 2018. Fernando González Andrés.
  • 7. 7 3. BINARIZAR LA IMAGEN 3.1. El primer paso es cambiar el tipo de imagen a imagen en blanco y negro de 8 bit Image  Type  8-bit Curso Intensivo de Postgrado. UACH. México 2018. Fernando González Andrés.
  • 8. 8 Curso Intensivo de Postgrado. UACH. México 2018. Fernando González Andrés. 3.2. Para binarizarla seleccionar la siguiente ruta en el menú desplegable Process  Binary  Make Binary
  • 9. 9 Curso Intensivo de Postgrado. UACH. México 2018. Fernando González Andrés. 3.3. Si la binarización automática no señala correctamente los elementos que se pretenden analizar, será necesario definir el umbral para el proceso de binarización de manera manual Con esta opción se elige los valores de la escala de grises (0 a 256) que tras la binarización pasan a ser negros y los que pasan a ser blancos Image Adjust  Threshold
  • 10. 10 Curso Intensivo de Postgrado. UACH. México 2018. Fernando González Andrés. La imagen superior indica la distribución de los niveles de grises en la fotografía. Desplazando el deslizador superior se señalará el límite inferior de la escala de grises que quedará seleccionado, y desplazando el inferior se señalará el límite superior Deslizador que fija el límite inferior Deslizador que fija el límite superior
  • 11. 11 4. ANALIZAR LOS PARÁMETROS MORFOMÉTRICOS 4.1. Seleccionar el tipo de análisis que se pretenden realizar Analyze →Set Measurments Curso Intensivo de Postgrado. UACH. México 2018. Fernando González Andrés. Se recomienda seleccionar los que se presentan en la figura El apartado “Shape descriptors” incluye los factores de forma
  • 12. 12 4.2. Ejecutar el análisis E primer lugar se selecciona la forma “rectángulo” y se señalan los elementos del archivo de imagen binarizado, que se pretenden analizar Curso Intensivo de Postgrado. UACH. México 2018. Fernando González Andrés.
  • 13. 13 A continuación en el menú desplegable “Analyze” se elige la siguiente opción: Analyze → Analyze particles Curso Intensivo de Postgrado. UACH. México 2018. Fernando González Andrés.
  • 14. 14 Curso Intensivo de Postgrado. UACH. México 2018. Fernando González Andrés. En la pantalla emergente hay que señalar el tamaño de objetos que se pretenden analizar Además es muy importante indicar al programa que muestre los resultados
  • 15. 15 Curso Intensivo de Postgrado. UACH. México 2018. Fernando González Andrés. Tras presionar en la pantalla anterior el botón OK, se obtiene una ventana emergente con los perfiles de los objetos y otra con la base de datos de resultados, que se puede guardar en formato *.csv
  • 16. 16 5. RECUPERAR LOS DATOS *.csv EN UN ARCHIVO DE EXCEL Curso Intensivo de Postgrado. UACH. México 2018. Fernando González Andrés.
  • 17. 17 6. REALIZAR LAS MEDIDAS MANUALES Señalar en la barra de botones superior el tipo de medida que se quiere realizar y posteriormente tomar la media en la imagen Acontinuación en el menú desplegable pulsar Analyze→Measure Curso Intensivo de Postgrado. UACH. México 2018. Fernando González Andrés.
  • 18. 18 Curso Intensivo de Postgrado. UACH. México 2018. Fernando González Andrés.
  • 19. 19 Cada medición que se realiza se va añadiendo de forma automática a la base de datos de resultados Curso Intensivo de Postgrado. UACH. México 2018. Fernando González Andrés.