El informe de la Comisión Especial para investigar los sucesos de Bagua, creado en septiembre de 2009, analiza las causas y consecuencias de los conflictos del 5 de junio de 2009, centrándose en la falta de información y consulta a las comunidades indígenas sobre los decretos legislativos percibidos como agresiones a sus derechos. Se destaca la exclusión y desatención de estas poblaciones, así como la multiplicidad de actores involucrados en las protestas, que complicaron su resolución pacífica. Las recomendaciones buscan mejorar la representación política indígena y fomentar un diálogo efectivo entre el Estado y las comunidades amazónicas para evitar futuros conflictos.