Manco Inca se rebeló contra los españoles debido a los abusos cometidos. Luchó la Batalla de la Fortaleza de Saqsahuamán pero fue derrotado. Más tarde fue asesinado por los partidarios de Diego de Almagro. La dinastía Inca de Vilcabamba concluyó con Túpac Amaru I, quien fue ejecutado por el virrey Toledo. Esto llevó a la Rebelión de Túpac Amaru II en el siglo 18, liderada por José Gabriel Condorcanqui, que también fue derrotada y él