MSConfig permite configurar el inicio del sistema operativo Windows al permitir seleccionar qué programas y servicios se iniciarán automáticamente. También permite editar archivos de configuración como SYSTEM.INI, WIN.INI, BOOT.INI, AUTOEXEC.BAT y CONFIG.SYS que controlan aspectos como las variables de entorno, controladores de dispositivos y la inicialización general del sistema.