Patzún se deriva de las palabras "PA", que significa lugar, y "ZUM", que significa girasoles. Fue fundado en el siglo XII como parte del reino Kaqchikel. En 1566 fue destruido durante el período hispánico y reconstruido posteriormente. En 1760, el cabildo municipal fue destruido por una explosión de pólvora, aunque la iglesia fue reconstruida. En 1839 se creó el departamento de Chimaltenango, al que Patzún pasó a formar parte.