Software para la BioDiversidad
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El documento describe el desarrollo de un software y bases de datos para facilitar la investigación en biodiversidad en los trópicos. Los objetivos incluyen fortalecer la investigación, hacer la información accesible al público usando tecnologías modernas, y estandarizar los procesos de recolección de datos. El software usa bases de datos con estándares Darwin Core, permite el mantenimiento de datos por usuarios autorizados, y facilita la búsqueda y visualización de colecciones de muestras biológicas.
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Software para la BioDiversidad
- 1. Presentación libro de marca OET 2009 Software para la Biodiversidad Pablo Aviles Desarrollo de Software y Bases de Datospara la Biodiversidad Manejo de Información
- 4. Permitir la estandarización en los procesos de recolección y almacenamiento de datos, y muestras
- 5. Servir como vitrina de los proyectos realizados en las estaciones biológicas a la comunidad científica y público
- 7. Mantenimiento de datos por científicos de la OET (‘core’ de datos actualizado)
- 8. Estandarización de procesos de recolección y registro
- 9. Vitrina virtual para los proyectos de las estaciones biológicas involucrados en el sistema
- 10. Se facilita el entorno de interacción con los proyectos
- 11. Validación y actualización de datos por especialistas
- 13. Un único repositorio de información
- 14. Software web accesible desde cualquier parte
- 15. Mantenimiento de datos por usuarios científicos autenticados
- 16. Galería de imágenes de las muestras
- 18. Un único repositorio de información
- 19. Software web accesible desde cualquier parte
- 20. Mantenimiento de datos por usuarios científicos autenticados
- 21. Galería de imágenes de las muestras
- 22. Vistas de datos diferentes para usuario autenticado y para usuario invitadoEstándarinformático de datospara la Biodiversidad, diseñadoparafacilitar el intercambio de información (definiciones de referencia, ejemplos y comentarios). Se basa, principalmente en taxones, incidencia en la naturalezadocumentadapor la observación, especímenes y muestras.
- 24. Geolocalización de las muestras y/o colecciones
- 25. Búsqueda de colecciones por diferentes campos de las tablas
- 26. Posibilidad de compartir datos mediante diferentes vías (RSS, RDF/OWL (web semántica), etc.)
- 28. Geolocalización de las muestras y/o colecciones
- 29. Búsqueda de colecciones por diferentes campos de las tablas
- 30. Posibilidad de compartir datos mediante diferentes vías (RSS, RDF/OWL (web semántica), etc.)
- 31. Aseguramiento de la calidad de los datosReally Simple Syndication 2.0. Familia de formatos de difusión de datos web codificados en XML. Se utiliza para suministrar información a suscriptores, que se actualiza frecuentemente. El formato permite distribuir contenido sin necesidad de un navegador, utilizando un software diseñado para leer estos contenidos RSS (agregador)
- 33. Geolocalización de las muestras y/o colecciones
- 34. Búsqueda de colecciones por diferentes campos de las tablas
- 35. Posibilidad de compartir datos mediante diferentes vías (RSS, RDF/OWL (web semántica), etc.)
- 37. Geolocalización de las muestras y/o colecciones
- 38. Búsqueda de colecciones por diferentes campos de las tablas
- 39. Posibilidad de compartir datos mediante diferentes vías (RSS, RDF/OWL (web semántica), etc.)
- 40. Aseguramiento de la calidad de los datosOntology Web Language. Lenguaje de representación de conocimiento para ontologías (términos utilizados para describir y representar un área de conocimiento, para compartir un dominio de información y hacer que el conocimiento sea reutilizable). OWL está codificado en XML
- 44. Servidor web Apache 2.2.13
- 46. PHP 5.2.9
- 47. AJAX / jQuery / Javascript
- 48. CSS
- 49. XML
- 54. Navegación a través de galería
- 55. Soporte para visualizar diferentes tamaños en las imágenes cargadas (zoom)
- 56. Carga de imágenes y transformación automática a diferentes tamaños
- 57. Carga, y borrado de imágenes cargadas a la galería.
- 62. Eventos de la colecta de datos
- 65. Jardín Botánico Wilson http://www.ots.ac.cr/jbw
Notas del editor
- Durante años, científicos y estudiantes han venido desarrollando investigaciones en las estaciones biológicas de la OET. Por otra parte, propio de su quehacer diario, en las estaciones biológicas se desarrollan trabajos de investigación, catalogación y recolección de muestras que se ven reflejadas en jardines botánicos, herbarium, y flórula.En el espíritu de fortalecer la investigación en los trópicos, y de hacer accesible al público en general, así como a estudiantes y científicos el producto de ese trabajo, y utilizando las tecnologías actuales, es que se ha querido desarrollar la plataforma de sistemas de software para la BioDiversidad.Los sistemas en el marco de software para la BioDiversidad, deberán de beneficiar de diferentes maneras a científicos, estudiantes, público en general y a las estaciones biológicas.
- El producto de la recolección de datos está a disposición de la comunidad científica y público en general desde el momento en el que la información es agregada al sistemaEl mantenimiento de los datos de taxonomía es realizado por especialista científicos de la OET, manteniendo un ‘core’ de datos actualizadoSe facilita la estandarización de los procesos de recolección y registros de datosLos módulos dentro del software sirven como vitrina para mostrar el producto del trabajo en las diferentes estaciones biológicas y facilitan la interacción con dichos proyectosLa administración, mantenimiento y utilización de los datos en el sistema es efectuado por los especialistas de cada proyecto.Al ser desarrollado en la OET, permite futuras actualizaciones y mejoras
- Darwin core como punto de partida para el diseño de las bases de datos para almacenamiento de informaciónBases de datos integradas en un solo ‘core’ de datosSoftware tipo web para ser accesible desde cualquier parte vía internetMantenimiento de datos por usuarios científicos autenticados desde las diferentes aplicaciones o módulos del sistemaGalería de imágenes de las muestras de las colecciones. Diferentes tamaños de imágenesVistas diferenciadas para usuario autenticado y para usuario invitado
- Darwin core como punto de partida para el diseño de las bases de datos para almacenamiento de informaciónBases de datos integradas en un solo ‘core’ de datosSoftware tipo web para ser accesible desde cualquier parte vía internetMantenimiento de datos por usuarios científicos autenticados desde las diferentes aplicaciones o módulos del sistemaGalería de imágenes de las muestras de las colecciones. Diferentes tamaños de imágenesVistas diferenciadas para usuario autenticado y para usuario invitado
- Grupos o perfiles de usuarios con autenticaciónGeolocalización de las muestras y/o colecciones de datosBúsquedas de colecciones por los diferentes campos de las tablasPosibilidad de compartir datos mediante diferentes vías (RSS, RDF/OWL (web semántica), etc.) Aseguramiento de la calidad de los datos
- Grupos o perfiles de usuarios con autenticaciónGeolocalización de las muestras y/o colecciones de datosBúsquedas de colecciones por los diferentes campos de las tablasPosibilidad de compartir datos mediante diferentes vías (RSS, RDF/OWL (web semántica), etc.) Aseguramiento de la calidad de los datos
- Grupos o perfiles de usuarios con autenticaciónGeolocalización de las muestras y/o colecciones de datosBúsquedas de colecciones por los diferentes campos de las tablasPosibilidad de compartir datos mediante diferentes vías (RSS, RDF/OWL (web semántica), etc.) Aseguramiento de la calidad de los datos
- Grupos o perfiles de usuarios con autenticaciónGeolocalización de las muestras y/o colecciones de datosBúsquedas de colecciones por los diferentes campos de las tablasPosibilidad de compartir datos mediante diferentes vías (RSS, RDF/OWL (web semántica), etc.) Aseguramiento de la calidad de los datos
- Bases de datos Oracle 10gR2Servidores SunSolaris 10Servidor web Apache 2.2.13Tecnologías implicadas en el desarrollado PHP 5.2.9, AJAX, jQuery, javascript, CSS, XML, Oracle 10gR2
- Un core de datos compartido y actualizadoVistas de datos y reglas de negocios separadas para cada aplicación del sistema
- Autenticación base de datosAutenticación al sistema para poder hacer cambios
- Diferentes perfiles de usuarios (administrator, collector, system, ViewAdmin)Validación del ingreso de información para evitar inyección de código en los formulariosCAPTCHA para evitar ataque de BOTs (pendiente)
- Diferentes perfiles de usuarios (administrator, collector, system, ViewAdmin)Validación del ingreso de información para evitar inyección de código en los formulariosCAPTCHA para evitar ataque de BOTs (pendiente)
- Búsqueda de colecciones de datos simple (un término se busca en cualquier campo)
- Búsqueda de colecciones detallada (se busca un término diferente en cada campo que se desee)
- Búsqueda a través de navegación por árbol taxonómico
- Vistas de colecciones en forma de listas de datos (usuario autenticado y usuario invitado)
- Vistas de colecciones en forma de galerías de imágenes (usuario autenticado y usuario invitado)Navegación por árbol taxonómico (usuario autenticado)
- Filtros por búsquedasNavegación a través de galeríaSoporte para visualizar diferentes tamaños en las imágenes cargadas (zoom)Carga de imágenes y transformación automática a diferentes tamañosCarga, y borrado de imágenes cargadas a la galería.Capacidad de seleccionar cualquier imagen de la galería como imagen principal de la colección (thumbnail)
- Filtros por búsquedasNavegación a través de galeríaSoporte para visualizar diferentes tamaños en las imágenes cargadas (zoom)Carga de imágenes y transformación automática a diferentes tamañosCarga, y borrado de imágenes cargadas a la galería.Capacidad de seleccionar cualquier imagen de la galería como imagen principal de la colección (thumbnail)
- TaxonomíaDatos de científicosCaracterísticas de los datos en las colecciones
- Elementos de identificación del registro o colecciónEventos de la colecta de datosTaxonomía
- Elementos de localización y geoespacialesElementos biológicos y de georeferencia
- Elementos biológicos y de ambientalesCarga de imágenes de colecciones
- Herbarium Las CrucesJardín Botánico WilsonFlorula Palo Verde
- Herbarium Las CrucesJardín Botánico WilsonFlorula Palo Verde