El mantenimiento lógico consiste en distribuir correctamente los archivos en el disco duro para que trabaje de forma más eficiente y rápida, prevenir el desgaste del disco y eliminar archivos temporales, programas no utilizados, virus y errores en el disco y tablas de archivos. MSConfig permite editar los archivos que se cargan al iniciar Windows para optimizar el arranque, mientras que REGEDIT y CHKDSK sirven para modificar el Registro de Windows y comprobar/reparar errores en el sistema de archivos respectivamente.