En colaboración con Granada Ciudad de la Ciencia os contamos un modo de entender el origen del Sars-CoV-2, el virus responsable de la enfermedad Covid-19, a través de los árboles filogenéticos y el DNA barcoding.
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Nuestros objetivos son:
- acercar esta disciplina a cualquier público a través de la
divulgación,
- fomentar el crecimiento de profesionales y aficionados en esta
disciplina.
¿Quiénes somos?
Bioinformatics GRX es una comunidad granadina para el estudio y el desarrollo de la bioinformática.
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Charlas introductorias sobre todas las
áreas
Charlas avanzadas y técnicas con
empresas e investigadores
¡Y más! Talleres, cursos, proyectos,
hackatones...
t.me/bioinformaticsGRX
¿Qué hacemos?
@bioinfGRX https://github.com/bioinformaticsGRX
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Diseño de árbol filogenético Covid19
Relaciones evolutivas de SARS CoV2
- Comparando los genomas
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Javier Rodríguez Pérez
- Big data (problemas de
procesamiento y memoria)
- Reducir dimensionalidad de
los datos.
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DNA barcode son firmas génomicas
Firma genómica: Un conjunto de medidas de
un fragmento cualquiera de un genoma que
identifique a un grupo de organismos,
puesto que son constantes dentro de un
grupo y diferentes de grupos alejados.(H.
Joel Jeffrey, 1990)
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TRABAJOS PREVIOS
1.- CGR. (H. Joel Jeffrey, 1990)
Presentó un nuevo método de
representar las secuencias del
ADN. Su mecanismo se basa en la
Teoría del Caos (Edward Lorenz,
1963). El resultado que forma este
algoritmo arroja imágenes
fractales como el famoso
“triángulo de Sierpinski”:
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TRABAJOS PREVIOS
1.- CGR. (H. Joel Jeffrey, 1990)
Se forma marcando las esquinas de
un cuadrado con cada nucleótido y
partiendo del centro del cuadrado,
vamos leyendo la cadena y
marcamos un punto en el medio
entre el punto anterior y la esquina
con el nucleótido:
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TRABAJOS PREVIOS
2.-FCGR. (P.J. Deschavanne,1999)
Previamente crea la matriz donde
irán los recuentos de k-mers
“palabras de nucleótidos de tamaño
k”.
La firma es muy parecida a CGR
pero reduce mucho el cálculo
computacional permitiendo el
procesamiento rápido de
secuencias largas.
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Código de barras de SARS-CoV-2A
A
A
A
A
A
A
C
G
G
G
G
Genoma 1-1000 pb
Genoma 1001-2000 pb
Permutaciones de K-mers
G
e
n
o
m
a
DNA barcoding SARS cov 2.
Recuento de K-mers con k=4 a lo largo de todo el genoma en
ventanas de 1000 Pb
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Diferencias por ventanas de 1000pb (covid-RaTG13)
Se observa mayor desviación en los
fragmentos entre 22000-24000 pb
Genoma completo de SARS Cov 2 por ventanas de 1000 pb
Diferencias
con RATG13
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¿Se escapó de un laboratorio?
¿Es totalmente natural?
¿Intencionadamente? ¿Accidente?
¿Se diseñó?
¿Qué sabemos realmente del origen del Sars-Cov-2?
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¿Qué sabemos realmente del origen del Sars-Cov-2?
14 de 41 (34%) pacientes no están relacionados con el mercado.
1 de esos 14 tiene sus primeros síntomas descritos el 1/12/2019
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¿Qué sabemos realmente del origen del Sars-Cov-2?
De los 425 primeros casos cuyos síntomas fueron
descritos durante o antes de diciembre, el 45% (191)
no tiene conexión directa con el mercado.
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¿Se diseñó?
Luc Montaigner.
Investigador Principal sobre SIDA:
Premio Nobel Medicina en 2008 y
Premio Príncipe de Asturias en 2000
Se apoyó en una investigación sin revisión y que
fue retirada casi inmediatamente
¡El SARS-CoV-2 contiene
secuencias introducidas del
SIDA!
¿Accidente?
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En resumen:
1) Compararon las secuencias que indicaba Montagnier con el genoma de todos los
organismos conocidos.
2) Vieron que estaban extendidas entre otros coronavirus pero también en bacterias
y animales. Sin embargo, no había o era muy baja la similitud con cepas del SIDA.
¿Es totalmente
natural?
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¿Qué sabemos realmente de la Covid19?
¿Es totalmente
natural?
96% identical
91%
identical *
90.5% identical
Si nos fijamos en
los genomas
* El sitio de unión, SPIKE, es
prácticamente igual entre estos
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Una vez conocidas las secuencias del SARS-CoV-2 se hicieron simulaciones informáticas sobre su unión
con el receptor humano ACE2, y ninguna lo predice como óptima. Esto muestra que el origen de la Covid19
no puede derivar del conocimiento actual y que, por tanto, su origen es resultado de la selección natural.
https://francis.naukas.com/2020/03/31/como-se-une-el-coronavirus-sars-cov-2
-al-receptor-ace2-de-la-celula-huesped/