Las capas en GIMP permiten hacer cambios y modificaciones a pequeñas partes de una imagen sin afectar la imagen original, y comprobar los efectos antes de aplicarlos de manera permanente. Cada capa se asemeja a una hoja de acetato transparente que se superpone a las demás para componer la imagen final, y cada capa puede tener condiciones distintas como máscaras que ocultan zonas. La ventana de capas permite gestionar y crear nuevas capas con opciones como el nombre, tamaño y tipo de relleno.