El tomate es una planta hermafrodita con flores amarillas de cinco pétalos. La polinización ocurre principalmente por el viento aunque también por insectos. El estigma es receptivo unos días antes y después de que las anteras se abran para liberar el polen. El tomate es altamente autógamo, autopolinizándose en un 95-99% de los casos, aunque la polinización cruzada por insectos también ocurre en una pequeña proporción del 0.5 al 5%.