El sector primario de la II Región de Antofagasta se centra principalmente en la extracción de recursos naturales como el cobre, la plata y los productos pesqueros. Más del 50% de la producción anual de cobre de Chile proviene de yacimientos en esta región. Aunque la pesca no contribuye tanto al PIB, es una fuente importante de empleo. La infraestructura portuaria es clave para exportar la producción minera y no metálica de la región.