La segunda presidencia de Flores (1839-1843) vio el establecimiento de tratados de comercio y amistad con México e Inglaterra, así como avances en educación y obras públicas. Su tercera presidencia (1843-1845) promulgó una nueva constitución que limitó las libertades públicas. Esto llevó a la Revolución Marcista en 1845 que derrocó a Flores e inició un período de inestabilidad entre facciones civiles y militares que dominaron hasta 1860.