Las infecciones pueden contribuir al desarrollo y exacerbación de la autoinmunidad a través de tres mecanismos: 1) activando las células presentadoras de antígenos y reclutando leucocitos que rompen la tolerancia a antígenos propios; 2) induciendo respuestas inmunitarias contra antígenos propios con similitud molecular a los patógenos; 3) alterando la microbiota intestinal de forma que aumenta la incidencia de enfermedades autoinmunes.