Ubuntu utiliza un sistema basado en paquetes para instalar aplicaciones de forma sencilla y segura desde repositorios en línea. Los paquetes contienen todos los archivos necesarios para una aplicación y las herramientas de instalación se encargan de resolver cualquier dependencia automáticamente. Existen miles de programas disponibles organizados en cuatro categorías principales: soportado oficialmente, con restricciones de copyright, mantenido por la comunidad y software no libre.