El Ministerio de Educación está dirigido por el Ministro de Educación, quien supervisa a los viceministros de Educación Básica, Media y Superior, así como al viceministro de Ciencia y Tecnología. Estos viceministros dirigen las direcciones generales que se encargan de la planificación, ejecución y evaluación de las políticas educativas en sus respectivos niveles y áreas.