Felipe II intentó inicialmente proteger a Antonio Pérez, pero luego lo detuvo en 1579 al descubrir su traición y asociación con la princesa de Éboli. Antonio Pérez escapó de prisión en 1590 y huyó a Aragón, donde buscó protección de los fueros. Felipe II presionó para juzgarlo, pero Antonio Pérez escapó nuevamente. Más tarde se trasladó a Inglaterra donde ofreció información contra Felipe II y murió en la pobreza en París en 1611.

1. Felipe ii Traición a Antonio Perez Alberto Sanz Ferrero

2. Felipe II intentó en un principio proteger a Antonio Pérez, en parte por su propio sentimiento de culpabilidad y en parte por lo que podía revelar, pero cuando su hermanastro don Juan murió y sus documentos llegaron a Madrid, descubrió la trama y mentiras de Antonio Pérez, dándose cuenta de que don Juan siempre había sido leal. Considerándose traicionado, Felipe II empezó a desconfiar de la asociación de Antonio Pérez y la princesa de Éboli y sospechaba de un tráfico de secretos de Estado. En la noche del 28 de julio de 1579 , Antonio Pérez fue detenido tras salir de su despacho. La princesa de Éboli asimismo fue puesta bajo custodia, primero en la Torre de Pinto , luego en el castillo de Santorcaz y, finalmente, fue recluida en su propio palacio de Pastrana , donde pasó el resto de su vida. Poco después el puesto de Antonio Pérez fue ocupado por Granvela. Antonio Pérez tenía libertad para moverse por Madrid , siendo vigilado por la Corona, pues el rey necesitaba sus documentos (los cuales podían implicarle a él también en el asesinato de Escobedo). Más tarde, los Escobedo y sus aliados tras presionar en la Corte, consiguieron que Antonio Pérez fuera detenido por segunda vez en 1585 bajo los cargos de tráfico de secretos y corrupción (sin mencionar el asesinato), fue encontrado culpable y condenado con dos años de prisión y una enorme multa. En 1590 reconoció bajo tortura su implicación en el asesinato de Escobedo.

3. . En abril de 1590, ayudado por su esposa, Juana Coello , Antonio Pérez escapó de su prisión en Madrid y huyó a Zaragoza , dónde consiguió la protección de los fueros . En el Reino de Aragón encontró el apoyo del duque de Villahermosa, el conde Aranda y principalmente de Diego de Heredia (de la baja nobleza). Mientras tanto y en su ausencia, en Madrid fue condenado a muerte (sin saberlo). Felipe II hizo un alegato ante el Justicia de Aragón contra Antonio Pérez por los cargos de asesinato de Escobedo, tráfico de secretos de Estado y huida de prisión. Felipe II, desesperado por la lentitud de la justicia aragonesa y porque no esperaba una condena favorable, retiró los cargos y usó un tribunal contra el que los fueros aragoneses y la Justicia aragonesa no podían oponerse: la Inquisición . Pérez no era un hereje, pero no fue difícil construir un caso contra él. En mayo de 1591 , Antonio Pérez fue trasladado de la prisión del Justicia a la de la Inquisición , por lo que sus defensores organizaron una revuelta en Zaragoza , conocida como revuelta de Antonio Pérez o Turbaciones de Aragón . Se le devolvió a la prisión de la Justicia aragonesa y desde allí llevó una campaña contra la Corona. En septiembre se le trasladó de nuevo a la prisión de la Inquisición. Heredia y sus seguidores lo volvieron a sacar y en esta ocasión le dejaron libre, con lo que la situación derivó en una crisis en Aragón por la defensa de los fueros . En octubre de 1591 Felipe II envió un ejército a Zaragoza ; al colocarse Juan de Lanuza V Justicia de Aragón al frente de las protestas, fue detenido y ejecutado sin previo aviso. Es lo que se llamó Alteraciones de Aragón que puso fin a la sublevación y Antonio Pérez huyó a Bearn , donde recibió el apoyo de Enrique de Navarra para intentar una invasión francesa, que fracasó. Más tarde Pérez se trasladó a Inglaterra, donde ofreció información, que sirvió para el ataque inglés a Cádiz en 1596, y estimuló la leyenda negra contra Felipe II. Tras intentar conseguir el perdón de la Corona sin éxito, Antonio Pérez falleció en París en la más absoluta pobreza en 1611 .

4. fin