Paper utilizado para esta presentación Prokosch H., "IT infraestructure components for biobanking", 2010

2. Introducción
Medicina traslacional
 Descubrimientos biológicos
integrativos
 Información genómica
 Nuevas tecnologías moleculares
 Información fenotípica de
pacientes
Aportar al entendimiento de
las enfermedades humanas
Desarrollo de nuevas
técnicas diagnósticas y
tratamientos
Biobancos

3. Introducción
Biobancos en la
investigación
Colecciones de tejido en centros del
cáncer en hospitales
Grandes biobancos en redes de
investigación multicéntricos
Pequeños biobancos basados en ensayos
clínicos
Gran cantidad de
información

4. Introducción
Biobanco 1996: colección
de varios tipos de
muestras biológicas
Biobanco en 2006: colección de
material biológico e información
asociada, con información de
almacenamiento organizada y
sistematizada de una población o
un gran subconjunto de la
población
Varios artículos han sido publicados en los
últimos 5 años sobre tecnologías de
información, ninguno provee un catálogo de
requerimientos que debe tener una IT para
satisfacer todos los escenarios a los que se
puede enfrentar un Biobanco

5. Métodos
 Revisión bibliográfica
Numerosas
Los aspectos relevantes sobre IT han sido
combinados con aspectos de organizacionales,
éticos y seguridad
Enfoque en los requerimientos básicos para manejo de muestras, localizaciones de
almacenaje e información clínica como también procesos relacionados con la
adquisición de la muestra, transporte, almacenaje, aseguramiento de la calidad y
documentación fenotípica.
Las IT varían de acuerdo a tipo de Biobanco

6. Métodos
Seguridad en la IT
Separación de los poderes de información
Seudonimización
Manejo de identidad basada en los servicios de terceros
de confianza, que mantienen los datos de identidad y
seudónimos separados de la base de datos médicos y
genéticos
Separación física de la información
de identidad de la información
médica
Separación física de la información
de la muestra almacenada, los
análisis genéticos y la información
médica

7. Métodos
Con el fin de generar un catálogo de
requerimientos, se formó un panel de
especialistas:
Dos especialistas clínicos con gran experiencia en
Biobancos, patología y laboratorios
Dos especialistas informáticos con gran experiencia en
infraestructuras IT para redes de investigación médica
Moderador: autor principal de este artículo, especialista
en informática médica
TAREAS
Recoger un gran número de requerimientos en la
primera ronda de muestreo
Crear un conjunto de categorías para tales
requerimientos
Categorizar y estructurar la lista de requerimientos
dentro de la segunda ronda de muestreo

8. Resultados
150
funcionalidades
3 categorías principales y
20 subcategorías
Asignación de cada
requisito a una de
las 20 subcategorías
Revisión de catálogo:
eliminación de
redundacias e
inconsistencias

10. Los biobancos establecidos se
encuentran insertos en hospitales
universitarios y en grandes
instituciones de investigación no
universitarias Biobancos de hospitales universitarios
están insertos en un entornos de TI
muy heterogéneo
Catálogo es aplicable para
guiar los procesos logísticos y
médicos de los biobancos
Para la gran heterogeneidad de
proyectos de investigación de hospitales
universitarios se debe crear una
estructura genérica
Un biobanco se puede enfrentar
a diversos escenarios

11. Almacén de
datos
clínicos
Encriptación
Módulo de
gestión
(LIMS)

12. Definición específica por proyecto de
investigación y contexto de almacenamiento
Antes de la incorporación de un nuevo proyecto, el administrador de
la IT debe configurarlo de acuerdo a las necesidades de éste.
Creación de roles y funcionalidades
Definir los tipos de datos que serán ingresados

13. Definición los flujos de trabajo para
seguir el procesamiento, transporte y
almacenaje de muestras
Dentro de un hospital, la adquisición de la muestra puede
realizarse a través de: consultas médicas, salas de
hospitalización, dentro de departamentos de diagnósticos
(ejemplo: endoscopías) y pabellones.
Almacenamiento en tiempo
corto
Adquisiciones de muestras por estudios multicéntricos,
ambientes más complejos y menos estandarizados
Muchas variables a considerar:
contenedores, tiempos en diferentes
espacios físicos, mantención de
temperatura, mucho mayor flujo de
datos hasta el almacenamiento final
Cuanto más preciso el registro de las variables del proceso a los largo de
la vida útil de la muestra, más precisa será la extracción de información,
la que es necesaria para fines clínicos y de investigación

14. Abrir interfaces para enlazar con la manipulación pre
analítica de muestras de alto estándar y robots de
almacenamiento
Biobancos pequeños
Biobancos grandes
Manejo manual del almacenamiento de
muestras
Incorporación de robots

16. Seminario 3

17. Progresos importantes en el campo de la investigación
en salud
Realizar medicina personalizada guiada por biomarcadores
y la habilidad para establecer nuevas medidas preventivas o
tratamientos para aplicarlas al paciente correcto en el
momento correcto

18. Metodologías bioinformáticas avanzadas
Desarrollo de modelos animales para estudiar enfermedades humanas
Establecimiento de plataformas “ómicas”
Biobancos
Progreso de la biomedicina

19. Clasificación de Biobancos:
Colecciones de biomaterial dentro de la atención clínica
directa
Creados por proyectos de investigación dedicados a una
enfermedad particular
Meta-biobancos

20. • En años anteriores, muchas investigaciones se han enfocado en
establecer IT para biobancos dedicados a proyectos o redes
• Ninguna de ellas se ha enfocado en describir una arquitectura IT
aplicable a los distintos escenarios a los que se enfrenta un biobanco
establecido en un hospital universitario

21. Objetivo
Ilustrar los requerimientos basándose en las soluciones IT de biobancos
de múltiples proyectos del Hospital Universitario de Erlangen y
proponer una red IT genérica de biobanco, que puede ser adaptada por
otras instituciones de investigación de acuerdo a sus necesidades con el
fin de realizar un uso más eficiente de fuentes de tecnología de
información

22. En el Hospital de Erlangen se estableció durante la última década un
sistema de registro médico
electrónico (EMR)
DEPARTAMENTOS
Necesidades
Plataforma estratégica para
todo el Hospital Universitario y
la Facultad de Medicina

23. Creación del
software
CCC GCKD
DPKK
ColoNet
Consortium
Plataforma

24. Resultado
 Sistema de gestión de Biobanco (BMS)
 Sistema de gestión de ensayos clínicos certificado por GCP
 EMR del Hospital Universitario
 i2b2
 PID generator

25. CCC
GCKD
DPKK
ColoNet