El informe detalla el uso del software MEGA para analizar secuencias de ADN desde una perspectiva evolutiva, destacando sus capacidades avanzadas de alineación de secuencias y construcción de árboles filogenéticos. Además, se describen los pasos para importar microorganismos, alinear secuencias y ejecutar análisis, enfatizando la interfaz modernizada que mantiene familiaridad para los usuarios. El trabajo se basa en el análisis de 30 secuencias de distintos microorganismos incluido en el procedimiento.

1. UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA
ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERÍA AMBIENTAL
INFORME
Docente
Biotecnología
PRÁCTICA MEGA
Dr. Soto Gonzales Hebert Hernan
2021
Alumno
Ancachi Mamani Judith Nancy
Ilo – 15 de octubre
Análisis de genética molecular evolutiva

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I. INTRODUCCIÓN
La secuenciación del genoma está generando enormes cantidades de datos de
secuencias de ADN de una amplia gama de organismos. En consecuencia, las bases
de datos de secuencias genéticas crecen rápidamente. Para realizar análisis
eficientes de estos datos, se necesitan programas informáticos fáciles de usar, que
contengan algoritmos computacionales rápidos y métodos estadísticos útiles.
El objetivo del software MEGA ha sido proporcionar herramientas para explorar,
descubrir y analizar secuencias de ADN y proteínas desde una perspectiva evolutiva.
MEGA X avanza en la distribución de MEGA entre plataformas. Además de MS
Windows, MEGA X se ejecuta ahora de forma nativa en sistemas Linux. Además,
MEGA X tiene capacidades de rendimiento avanzadas para la construcción de
árboles de arranque y la selección de modelos. Para la construcción de árboles
bootstrap cuando se utilizan métodos de distancia o parsimonia, se ejecutan
simultáneamente múltiples réplicas de bootstrap (la construcción de árboles
bootstrap ML ya utiliza la paralelización de grano fino). Para el análisis de selección
de modelos, se analizan múltiples modelos simultáneamente. Por último, se ha
modernizado la interfaz de usuario, manteniendo la misma estructura a la que están
acostumbrados los usuarios de MEGA.

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II. MARCO TEÓRICO
❖ Alineación de secuencias
1. MEGA soporta la alineación de secuencias utilizando los programas ClustalW y
MUSCLE.
2. El alineamiento (o refinamiento) se realiza en el Explorador de Análisis
(Alineación -> Abrir Explorador de Alineación del menú principal).
3. Podemos empezar con un alineamiento en blanco (si estamos importando
secuencias del NCBI, o no tenemos un archivo de secuencias compatible) o desde
un archivo de secuencias compatible.
4. Con nuestras secuencias en el Explorador de Alineación (AE), seleccionamos
Alineación en el menú, y luego ClustalW o Muscle.
5. Ajuste los parámetros de alineación a los valores que desee o deje las opciones
solas para usar los valores por defecto. Haga clic en Compute/OK.
6. Dependiendo de la longitud y el número de secuencias puede ver una barra de
progreso mientras se ejecuta el alineamiento.
7. Las secuencias alineadas sustituirán a las secuencias no alineadas
anteriormente en el Explorador de Alineaciones. Ahora puede exportarlas al
formato MEGA o Fasta para su análisis.
❖ Ejecutar el análisis
(Nota: Las secuencias DEBEN estar alineadas antes de proceder al análisis).
1. Seleccione el análisis que desea ejecutar en la barra de herramientas superior
de la ventana principal.
2. Se le mostrará una lista de opciones para este análisis. Sólo puede cambiar las
opciones que se dibujan en un cuadro blanco. Haga clic en Calcular.
3. Dependiendo de la longitud del análisis, puede ver una barra de progreso
mientras se ejecuta el análisis.
4. El resultado aparecerá en forma de árbol, matriz, texto, etc.
5. En la mayoría de los resultados existirá la opción de guardar su análisis. Esta
opción suele estar en los menús Archivo o Datos de la ventana de resultados.

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III. PROCEDIMIENTO
❖ Comenzamos abriendo el programa MEGA y clicamos en “alignament”, seguidamente en
Query Databanck
❖ Nos mostrará una pantalla donde, para este trabajo buscaremos el microorganismo
con el gen 16s.
Fuente: Elaboración propia
Fuente: Elaboración propia

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❖ Escogemos un microorganismo y clicamos en buscar. De la lista de microorganismos
que nos mostrará, seleccionamos uno, y nos dará nuestra secuencia.
❖ Luego clicamos en Add To Alignment, dando OK a todas ventanas que se muestran.
Fuente: Elaboración propia
Fuente: Elaboración propia.

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❖ En seguida podremos evidenciar el alineamiento de nuestra secuencia
❖ Para este trabajo tomaremos 10 microorganismos y para cada uno de ellos
seleccionaremos tres tipos. Teniendo un total de 30 secuencias.
Fuente: Elaboración propia
Fuente: Elaboración propia

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❖ Ahora alinearemos nuestras secuencias haciendo clic en Alignment, posteriormente
en Align by MUSCLE dando OK a toda pantalla que se muestre.
❖ De esta manera tendremos todo alineado, en seguida borramos todos los espacios
en blanco seleccionándolos y clicando en X o presionando la tecla suprimir.
❖ Una vez borrados todos los espacios en blanco procedemos a exportarlo en formato
MEGA, en este caso como PRÁCTICA A1.
Fuente: Elaboración propia
Fuente: Elaboración propia

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❖ Posteriormente clicamos en PHYLOGENY y seguidamente en Construct/Test
UPGMA Tree. Escogemos nuestra PRACTICA A1 ya guardada y damos OK a todas las
ventanas que se presenten.
❖ Finalmente tendremos la estructura en forma de árbol.
Fuente: Elaboración propia
Fuente: Elaboración propia

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IV. BIBLIOGRAFÍA
AYUDA MEGA.
https://www.megasoftware.net/web_help_10/index.htm#t=Tamura_et_al_2012.htm