Este informe describe el uso del software MEGA para alinear secuencias de ADN y construir un árbol filogenético. Se alinearon las secuencias del gen 16S de 30 bacterias utilizando MEGA y se construyó un árbol filogenético para analizar las relaciones evolutivas entre las bacterias basadas en sus secuencias de ADN. El informe concluye que MEGA es una herramienta útil para el alineamiento de secuencias y el análisis filogenético.

1. UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA
ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERIA AMBIENTAL
Biotecnología
INFORME
Uso del software Mega DNA
DOCENTE
Dr. Hebert H. Soto Gonzales
ESTUDIANTE:
Brenda Beatriz Cahuana Sillo
CICLO
VII
Octubre - 2021
Ilo - Perú

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TABLA DE CONTENIDO
1. INTRODUCCION............................................................................................................................................3
2. OBJETIVOS ......................................................................................................................................................4
3. MARCO TEORICO..........................................................................................................................................4
3.1. Alineamiento de secuencias de ADN............................................................................................4
3.2. Árboles filogenéticos..........................................................................................................................4
4. METODOLOGIA .............................................................................................................................................5
5. RESULTADO ................................................................................................................................................ 11
6. CONCLUSION............................................................................................................................................... 12
7. REFERENCIAS............................................................................................................................................. 12

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USO DEL SOFTWARE MEGA DNA
1. INTRODUCCION
El software MEGA ha sido proporcionado como una herramienta para explorar, Descubrir y
analizar secuencias de ADN y proteínas de un proceso evolutivo perspectiva. La primera
versión fue desarrollada para los recursos computacionales limitados que estaban
disponibles en la computadora personal promedio a principios de la década de 1990. MEGA1
hecho muchos métodos de análisis evolutivo fácilmente accesibles para la comunidad
científica para la investigación y la educación. MEGA2 fue diseñado para aprovechar
exponencialmente Mayor poder de cómputo y una interfaz gráfica de finales de la década de
1990, satisfaciendo la creciente necesidad de un análisis y una exploración de secuencias
biológicas más extensos. software. Expandió el alcance de su predecesor de un solo gen a
todo el genoma. análisis. Se desarrollaron dos versiones (2.0 y 2.1), cada una de las cuales
apoya los análisis de secuencia molecular (secuencias de ADN y proteínas) y datos de
distancia por pares. Ambos podrían especificar dominios y genes para el análisis de
secuencias comparativas de múltiples genes y podría crear grupos de secuencias que
facilitarían la estimación de dentro y diversidades entre grupos e inferir las relaciones
evolutivas de nivel superior de los genes y especies. MEGA2 implementó muchos métodos
para la estimación de evolución distancias, el cálculo de la secuencia molecular y las
diversidades genéticas dentro y fuera de entre grupos, y la inferencia de árboles filogenéticos
bajo evolución mínima y Criterios de máxima parsimonia. Incluía el Bootstrap y la
probabilidad de confianza pruebas de confiabilidad de las filogenias inferidas. (Tamura,
2011)

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2. OBJETIVOS
❖ Realizar el alineamiento múltiple utilizando el programa mega.
❖ Construir el árbol filogenético con el programa MEGA.
❖ Descubrir y analizar secuencias de ADN
3. MARCO TEORICO
3.1. Alineamiento de secuencias de ADN
Según el modelo propuesto por Watson y Crick, la molécula de ADN está compuesta por dos
hebras helicoidales cada una siguiendo una secuencia de nucleótidos {A;T;C;G}, y formando
parejas de {C;G} y {A;T} entre las dos hélices. Una vez extraído ADN de una muestra, se
obtienen dos secuencias de ADN (forward y reverse). Deben guardarse cada una en un
documento con formato FASTA. Se debe realizar un BLAST a la secuencia forward, que
consiste en hacer una búsqueda en una base de datos de secuencias de ADN, para encontrar
datos similares y verificar si el amplificador es correcto (Valverde, 2017)
3.2. Árboles filogenéticos
La filogenia molecular y aplicaciones como PAUP, Mr. Bayes y Beast, entre otras, son usadas
en investigaciones comparativas en genética. Algunos estimadores filogenéticos se basan en
un modelo explícito de la evolución de nucleótidos para estimar parámetros evolutivos tales
como longitudes de rama y topología del árbol. Los árboles filogenéticos son generados para
analizar las relaciones evolutivas observadas y obtener información a partir de ellas, de
manera que facilitan encontrar la divergencia de linajes, o la relación entre ellos. Para la
creación del árbol filogenético de las muestras de ADN obtenidas, morfológicamente
parecidas a lepidópteros, con el fin de determinar si había relación con las secuencias de ADN

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de lepidópteros, obtenidas de una base de datos, se utilizaron los programas PAUP, Mr. Bayes
y Beast. Se obtuvo un árbol filogenético que demostró que las muestras no pertenecían a la
especie de los lepidópteros, debido a que no presentaban relación alguna con esta especie,
pero sí gran similitud entre ellas. Al parecer, se reveló el descubrimiento de una nueva
especie, actualmente con nombre desconocido. Por otro lado, con el uso de estos programas
de software, se concluyó que no son tan amigables con el usuario que no tiene conocimiento
de comandos de línea. (Valverde, 2017)
4. METODOLOGIA
La metodóloga aplicada en la presente practica fue la siguiente:
❖ Primeramente, se instaló el software “Mega” el cual se tiene que estar instalada
correctamente en el equipo para su optima ejecución.
❖ Luego pasamos abrir el programa MEGA y clicamos en “alignament > Query Databanks”.
Fuente: Elaboración propia

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❖ Esto nos abrirá un buscador donde, para este trabajo buscaremos el microorganismo
con el gen 16s.
❖ Escogemos un microorganismo y clicamos en buscar. De la lista de microorganismos
que encontraremos, seleccionamos uno y nos dará nuestra secuencia.
Fuente: Elaboración propia
Fuente: Elaboración propia

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❖ Luego clicamos en Add To Alignment, dando OK a todas ventanas que se muestran.
❖ En seguida podremos evidenciar el alineamiento de nuestra secuencia
Fuente: Elaboración propia.
Fuente: Elaboración propia

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❖ Para este trabajo tomaremos 10 microorganismos y para cada uno de ellos
seleccionaremos tres tipos. Teniendo un total de 30 alineamientos.
❖ De esta manera tendremos todo alineado, en seguida borramos todos los espacios en
blanco seleccionándolos y clicando en X o presionando la tecla suprimir.
Fuente: Elaboración propia
Ahora alinearemos nuestras secuencias haciendo clic en Alignament, posteriormente
en Align by MUSCLE dando OK a toda pantalla que se muestre.

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❖ Una vez borrados todos espacios en blanco procedemos a exportarlo en formato
MEGA, en este caso como PRÁCTICA A1.
Fuente: Elaboración propia
Fuente: Elaboración propia

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❖ Posteriormente clicamos en PHYLOGENY y seguidamente en Construct/Test UPGMA Tree.
Escogemos nuestra PRACTICA A1 ya guardada y damos OK a todas las ventanas que se
presenten.
❖ Finalmente tendremos la estructura del arbol Filogenetico, en la que existen varias
opciones para trabajar con este árbol
Fuente: Elaboración propia
Arbol Filogenetico

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5. RESULTADO
En la presente imagen se puede observar el resultado del análisis filogenético basado en las
secuencias del gen 16S de30 bacterias, las cuales están identificadas en el Centro Nacional
para la Información Biotecnológica (NCBI). Los nombres representan las secuencias de las
cepas referencia reportadas en el (NCBI) y final mente el árbol filogenético fue construido
usando el software MEGA
Arbol Filogenetico

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6. CONCLUSION
Mediante la metodología aplicada se logró realizar el alineamiento de las secuencias
utilizando el programa Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA), el cual resulto
sencillo de manejar y es una herramienta muy útil para cualquier bioinformático. Por otra
parte, también se logró construir el árbol filogenético con el programa MEGA y descubrir y
analizar cada una de las secuencias de ADN que presentaron cierta similitud entre ellas.
7. REFERENCIAS
Tamura, S. K. (2011). Molecular Evolutionary Genetics Analysis. MEGA. Obtenido de
http://www.kumarlab.net/publications
Valverde, K. A. (2017). Uso de herramientas para alineación de secuencias y creación de
árboles filogenéticos para la determinacion de especies. Tecnología en Marcha.
Número. doi:10.18845/tm.v30i5.3218
https://www.megasoftware.net/