El Liceo N°3 comenzó sus clases en 1990 en el edificio del ex Colegio Don Bosco. Fue creado oficialmente el 26 de abril de 1990 mediante una resolución. Se inauguró el 2 de mayo de 1990. En sus primeros años funcionó en diferentes locales hasta que en 1992 se inició la construcción de su propio edificio en la intersección de las calles Andresito y Zorrilla. A lo largo de los años se realizaron obras de ampliación del edificio.