INFORME Nº 1 PRACTICA VIRTUAL - ANALISIS DE SECUENCIAS DEL GEN 16S

1. UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA
ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERÍA
AMBIENTAL
ASIGNATURA
TEMA : “Nº1 PRÁTICA VIRTUAL – ANALISIS DE SECUENCIAS”
CURSO : BIOTECNOLOGÍA
DOCENTE : DR. HEBERT HERNAN SOTO GONZALES
ALUMNO : AYRTON CESAR SOTO PAREDES
ILO - PERÚ
2021

2. CONTENIDO
1. INTRODUCCIÓN
2. OBJETIVOS
3. MARCO TEORICO
3.1. SECUENCIACIÓN DEL ADN
3.1.1. ¿QUÉ ES LA SECUENCIACIÓN DEL ADN?
3.1.2. ¿CÓMO SE REALIZA LA SECUENCIACIÓN DEL ADN?
2.1.3. ¿CÓMO SE USA LA SECUENCIACIÓN DE ADN
4. MATARIALES
5. RESULTADOS
6. CONCLUSIONES
7. BIBLIOGRAFÍA

3. ANALISIS DE SECUENCIAS DEL GEN 16S
1.INTRODUCCIÓN
La secuenciación genética es una tecnología que permite conocer y descifrar el código
genético que tienen todos los seres vivos. Se trata de ‘leer’ ese código, que contiene
información imprescindible para su desarrollo y funcionamiento, como si de un libro de
instrucciones genéticas se tratase. Estas señas de identidad, que definen las características
y la ‘firma genética’ de los organismos biológicos, vienen ‘inscritas’ en moléculas
llamadas ácidos nucleicos, formadas por nucleótidos.
El BLAST se utiliza habitualmente para comparar una secuencia dada contra toda una
base de datos de millones de secuencias. Producen alineamientos locales entre cada pareja
de secuencias. Además, generan un valor se significación estadística para cada
alineamiento.
BioEdit es otro programa que también nos permite editar alineamientos múltiples tanto
de nucleótidos como aminoácidos, además de hacer diferentes análisis con ellos. es un
editor de alineación de secuencias biológicas. Una interfaz intuitiva para varios
documentos con prestaciones convenientes hace relativamente sencilla la alineación y
manipulación de secuencias en su computadora de escritorio. Varias opciones de
manipulación de secuencias y análisis, además de enlaces a programas externos de
análisis facilitan un entorno de trabajo que le permite ver y manipular secuencias con
sencillas operaciones de señalar y hacer clic.

4. 2.OBJETIVOS
• Revisar los fundamentos de las técnicas de secuenciación de ácidos nucleicos.
• Efectuar el análisis y la selección de electroferogramas automatizados de
secuenciación mediante la aplicación de software libre BIOEDIT en específico el
estudio del gen ribosomal 16S.
3. MARCO TEORICO:
3.1. SECUENCIACIÓN DEL ADN
3.1.1. ¿QUÉ ES LA SECUENCIACIÓN DEL ADN?
La secuenciación del ADN es un método de laboratorio utilizado para
determinar el orden de las bases dentro del ADN. Las diferencias en la
secuencia de los 3 mil millones de pares de bases del genoma humano
conducen a la composición genética única de cada persona. En medicina, la
secuenciación de ADN se usa para diversos propósitos, incluido el
diagnóstico y el tratamiento de enfermedades. En general, la secuenciación
permite a los profesionales de la salud determinar si un gen o la región que
regula un gen contiene cambios, llamados variantes o mutaciones, que están
vinculados a un trastorno.
Al considerar someterte a pruebas genéticas, es importante que busques la
ayuda de un experto en genética, como un genetista médico o un asesor
genético, para interpretar sus resultados: comprender mejor los resultados de

5. las pruebas, sus implicaciones y cualquier riesgo potencial de tener o
transmitir una enfermedad genética a tus hijos.
3.1.2. ¿CÓMO SE REALIZA LA SECUENCIA DEL ADN?
Si bien los métodos para secuenciar el ADN han evolucionado a lo largo de
los años, todos ellos consisten en general en romper las largas cadenas de
ADN en muchas piezas pequeñas y utilizar luego uno de los diversos tipos de
pruebas analíticas para determinar el orden de las bases de nucleótidos que
componen esas piezas. Finalmente, las piezas se ensamblan de nuevo para
recomponer el orden original de la cadena de ADN.
-SECUENCIACIÓN SANGER:
Desarrollado en la década de 1970, este es el método que se utilizó en el
Proyecto Genoma Humano de 1990-2003 para secuenciar por completo el
ADN de un ser humano por primera vez. La secuenciación de Sanger se basa
en productos químicos llamados didesoxinucleótidos, que también se
conocen como nucleótidos de "terminación de cadena". Cuando uno de estos
dideoxinucleótidos se incorpora a una copia creciente de la secuencia de
ADN, ya no se puede agregar ningún otro nucleótido a la cadena después de
él. Cada didesoxinucleótido tiene una "etiqueta" fluorescente única que
permite identificar claramente A, T, C y G.
-Secuenciación masiva – Next Generation Sequencing (NSG)
El Proyecto Genoma Humano, completado en 2003, necesitó más de una
década usando la secuenciación de Sanger para determinar el genoma de un
solo individuo. Ahora es posible secuenciar el genoma humano en cuestión
de días. El tiempo y el coste de la secuenciación han disminuido

6. drásticamente gracias a un grupo de tecnologías de secuenciación masiva
denominado Next Generation Sequencing (NGS). Los métodos NGS son más
rápidos que la secuenciación de Sanger porque secuencian millones de
pequeños fragmentos de ADN de muchas partes diferentes del genoma al
mismo tiempo, en lugar de leer cada vez un solo fragmento de ADN de una
región del genoma. Debido a que todas estas reacciones están ocurriendo al
mismo tiempo, NGS también se conoce como secuenciación masiva.
METODOLOGÍA
Para analizar la calidad de secuencia, primero lo que debemos hacer es buscar la capeta
donde se encuentran los archivos de secuenciamiento
Hacemos click en el archivo que querramos analizar su calidad.

7. Y se nos abrira el archivo del cromatograma.
Luego hacemos una tabla en excel para poder hacer nuestras notas de cada secuencia que
abriremos de los cromatogramas.
Para ver el tamaño de la secuencia le damos click en file y buscamos donde dice
“Export as Fasta, guardamos en un archivo donde quieran guardarlo y para ubicarlo
rapidamente. Se nos guardara el archivo que hemos exportado, poniendo su codigo de
cada secuencia para hallarlo rapido.
Y se nos abrira el archivo y copiamos todo para poder pasarlo al BLAST

8. Luego de copiar las secuencias lo pegamos en la pagina de NCBI y le damos
en BLAST en la parte de abajo y dara los resultados de la secuencia que
hemos escogido.
Una vez nos halla dado los resultados, nuestro presente trabajo solo queremos
sacar cual es su longitud, su nombre científico y su porcentaje y si su calidad
es mala, regular o buena en la cual lo obtuvimos mediante la pagina de NCBI
“BLAST” como se puede observar en la imagen. Para que finalmente los
resultados que requerimos lo colocamos en nuestra hoja de “Excel”

9. 4. MATERIALES
▪ Programa de BioEdit: BioEdit es un editor de alineación de secuencias biológicas.
Una interfaz intuitiva para varios documentos con prestaciones convenientes hace
relativamente sencilla la alineación y manipulación de secuencias en su
computadora de escritorio. Varias opciones de manipulación de secuencias y
análisis, además de enlaces a programas externos de análisis facilitan un entorno
de trabajo que le permite ver y manipular secuencias con sencillas operaciones de
señalar y hacer clic.
▪ Computadora: Para poder realizar nuestro trabajo
▪ NCBI: El Centro Nacional para la Información Biotecnológica es parte de la
Biblioteca Nacional de Medicina de Estados Unidos, una rama de los Institutos
Nacionales de Salud.
▪ EXCEL: Es un programa computacional incluido en el paquete Microsoft Office,
y sirve para la creación, manejo y modificación de hojas de cálculo. Se puede
utilizar en varios dispositivos y sistemas operativos.

10. 5.RESULTADOS
CÓDIGO
CALIDAD DE LA SECUENCIA TAMAÑO DE
LA
SECUENCIA
ORGANISMO
% DE
IDENTIDAD
BUENA MALA REGULAR
DIVERSOS-_H10_16_16.ab1 948 ENTEROBACTER 84,59%
DIVERSOS-_H09_8_15.ab1 X 1262 NEGATIVO 0%
DIVERSOS-_H07_8H_15.ab1 X 1101 NEGATIVO 0%
DIVERSOS-_G10_15_14.ab1 X 950 ENTEROBACTER CLOACAE 96,28%
DIVERSOS-_G09_7_13.ab1 X 935 NEGATIVO 0%
DIVERSOS-_G07_7H_13.ab1 931 KOSAKONIA ORYZAE 92,16%
DIVERSOS-_F10_14_12.ab1 X 1204 NEGATIVO 0%
DIVERSOS-_F09_6_11.ab1 956 KLEBSIELLA 83,93%
DIVERSOS-_F07_6H_11.ab1 X 915 ENTEROBACTER LUDWIGII 96,22%
DIVERSOS-_E10_13_10.ab1 X 1057 NEGATIVO 0%
DIVERSOS-_E09_5_09.ab1 981 KLEBSIELLA PNEUMONIAE 89,35%
DIVERSOS-_E08_13H_10.ab1 932 PROTEOBACTERIUM 73,24%
DIVERSOS-_E07_5H_09.ab1 X 926 NEGATIVO 0%
DIVERSOS-_D10_12_08.ab1 986 PSEUDOMONAS GUARICONENSIS 83,87%
DIVERSOS-_D09_4_07.ab1 983 PHYTOBACTER DIAZOTROPHICUS 89,23%
DIVERSOS-_D08_12H_08.ab1 X 963 bacteria no cultivada 85,40%
DIVERSOS-_D07_4H_07.ab1 X 928 bacteria no cultivada 90,18%
DIVERSOS-_C11_19_05.ab1 X 950 NEGATIVO 0%
DIVERSOS-_C10_11_06.ab1 X 979 NEGATIVO 0%
DIVERSOS-_C09_3_05.ab1 X 944 Phytobacter diazotrophicus 86,91%

11. DIVERSOS-_C08_11H_06.ab1 X 965 Enterobacter sp. NA10140 92,51%
DIVERSOS-_C07_3H_05.ab1 X 963 Enterobacter sp. NA10140 92,53%
DIVERSOS-_B11_18_03.ab1 X 993 NEGATIVO 0%
DIVERSOS-_B10_10_04.ab1 X 1020 NEGATIVO 0%
DIVERSOS-_B09_2_03.ab1 X 939 Klebsiella oxytoca 84,01%
DIVERSOS-_B08_10H_04.ab1 X 958 Leclercia adecarboxilata 85,62%
DIVERSOS-_B07_2H_03.ab1 X 944 NEGATIVO 0%
DIVERSOS-_A11_17_01.ab1 X 1163 NEGATIVO 0%
DIVERSOS-_A10_9_02.ab1 X 925 bacteria no cultivada 87,70%
DIVERSOS-_A09_1_01.ab1 X 1007 Pseudomonas sp. 82,08%
DIVERSOS-_A08_9H_02.ab1 X 908 Herbaspirillum seropedicae 91,51%
DIVERSOS-_A07_1H_01.ab1 X 978 NEGATIVO 0%
USER_04set2007_15-
456NZ_G02_14.ab1
X 903 Bacillus sp. S82 91,48%
USER_04set2007_14-483H_F02_12.ab1 X 947 Enterobacter asburiae 86,09%
USER_04set2007_13-
483NZ_E02_10.ab1
X 891 Enterobacter sp. 89,55%
USER_04set2007_12-
526YZ_D02_08.ab1
X 880 Klebsiella sp. BR3357 95,25%
USER_04set2007_11-
375NZ_C02_06.ab1
X 976 NEGATIVO 0%
USER_04set2007_10-88H_B02_04.ab1 X 971 NEGATIVO 0%
USER_04set2007_09-
419YZ_A02_02.ab1
X 896 bacteria no cultivada 96,45%
USER_04set2007_08-375H_H01_15.ab1 X 1002 NEGATIVO 0%
USER_04set2007_07-
419Y1_G01_13.ab1
X 980 Enterobacter sp. WF14-6 98,61%
USER_04set2007_06-
526Y1_F01_11.ab1
X 989 Klebsiella pneumoniae 95,91%

12. USER_04set2007_05-88AZ_E01_09.ab1 X 839 Klebsiella pneumoniae 93,07%
USER_04set2007_04-88NZ_D01_07.ab1 X 872 Klebsiella pneumoniae 94,39%
USER_04set2007_03-
419AZ_C01_05.ab1
X 895 Klebsiella sp. MPUS7 97,35%
USER_04set2007_02-
526NZ_B01_03.ab1
X 877 Klebsiella variicola 86,71%
USER_04set2007_01-
419NZ_A01_01.ab1
X 950 NEGATIVO 0%
usuarios_12set2007_21_E04_10.ab1 X 866 NEGATIVO 0%
usuarios_12set2007_20_D04_08.ab1 X 949 NEGATIVO 0%
usuarios_12set2007_19_C04_06.ab1 X 1116 NEGATIVO 0%
usuarios_12set2007_18_B04_04.ab1 X 951 Enterobacter sp. 79,83%
usuarios_12set2007_17_A04_02.ab1 X 1056 NEGATIVO 0%
usuarios_12set2007_3Y2_H04_16.ab1 X 1006 NEGATIVO 0%
usuarios_12set2007_2Y2_G04_14.ab1 X 1005 Herbaspirillum seropedicae 81,20%
usuarios_12set2007_1Y2_F04_12.ab1 X 984 proteobacterias no cultivadas 81,62%
user_12set2007_16_H04_16.ab1 X 959 NEGATIVO 0%
user_12set2007_15_G04_14.ab1 X 944 Klebsiella variicola 89,38%
user_12set2007_14_F04_12.ab1 X 977 Pantoea deleyi 94,92%
user_12set2007_13_E04_10.ab1 X 928 NEGATIVO 0%
user_12set2007_12_D04_08.ab1 X 860 NEGATIVO 0%
user_12set2007_11_C04_06.ab1 X 959 NEGATIVO 0%
user_12set2007_10_B04_04.ab1
X 964
clon RsDiSp8 de Treponema no
cultivado
77,06%
user_12set2007_09_A04_02.ab1 X 1163 NEGATIVO 0%
user_12set2007_08_H03_15.ab1 X 991 NEGATIVO 0%
user_12set2007_07_G03_13.ab1 X 1185 NEGATIVO 0%
user_12set2007_06_F03_11.ab1 X 1347 NEGATIVO 0%

13. user_12set2007_05_E03_09.ab1 X 921 Enterobacter sp. 89,23%
user_12set2007_04_D03_07.ab1 X 983 Kosakonia oryzae 81,30%
user_12set2007_03_C03_05.ab1 X 997 Klebsiella variicola 75,12%
user_12set2007_02_B03_03.ab1 X 1024 NEGATIVO 0%
user_12set2007_01_A03_01.ab1 X 942 Kosakonia radicincitans 81,90%
En los siguientes rultados fueron producto a todos los archivos que queriamos saber su calidad de secuencia que fueron un total de 71 muestras de
cromatogramas, de las 71 muestras 30 fueron Malas, 10 fueron Buenas y 30 fueron regulares.
6.CONCLUSIONES
Como conclusion se pudo observar gracias al BLAST como son las secuencias de de cada archivo que hemos querido observar, hemos podido
obervar su longitud, que nombre cientifico era, su porcentaje y si tenia buena, regular o mala secuencia, nos ayuda mucho este pograma informático,
ya que el BLAST es la herramienta mas usada para la anotación y predicción funcional de genes o secuencias proteicas.

14. 7.BIBLIOGRAFÍA
✓ https://bioinf.comav.upv.es/courses/intro_bioinf/practica_blast.html.
✓ https://es.khanacademy.org/science/high-school-biology/hs-molecular-
genetics/hs-biotechnology/a/dna-sequencing.
✓ semanticscholar.org/paper/BioEdit%3A-An-important-software-for-molecular-
Alzohairy/75671951c918f299fd992895bbbf1a669cbad6ca.