La relación bilateral comercial entre Colombia y Alemania ha mostrado un déficit creciente para Colombia. Mientras que las exportaciones colombianas a Alemania disminuyeron un 31.6% entre 2009 y 2010, las importaciones colombianas desde Alemania aumentaron un 36.1% durante el mismo período, lo que llevó a un déficit comercial de $1.344 millones para Colombia en 2010. Los principales productos de exportación no tradicionales de Colombia a Alemania incluyen banano, derivados de café y flores frescas, siendo la agroindustria el sector más importante