Informe

2. UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA
ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERÍA AMBIENTAL
“Año de la unidad, la paz y el desarrollo”
INFORME:
“SIMULACIÓN DE ELECTROFORESIS EN GEL DE AGAROSA
EMPLEANDO EL SOFTWARE SNAPGENE”
DOCENTE:
Blgo. Soto Gonzales, Hebert Hernan
CURSO:
Biotecnología
CICLO:
VII
ESTUDIANTE:
Colana Coayla, Shirley Vanessa
06 de junio del 2023
ILO - MOQUEGUA

3. INDICE
1. INTRODUCCIÓN..........................................................................................................................4
2. OBJETIVOS..................................................................................................................................4
2.1. Objetivo General ................................................................................................................4
2.2. Objetivos Específicos..........................................................................................................4
3. MARCO TEÓRICO........................................................................................................................5
3.1. Electroforesis......................................................................................................................5
3.2. Gel de agarosa....................................................................................................................5
3.3. ADN y ARN..........................................................................................................................6
3.4. Simulación molecular .........................................................................................................7
3.5. Software SnapGene............................................................................................................7
4. MATERIALES Y MÉTODOS...........................................................................................................7
4.1. Materiales ..........................................................................................................................7
4.2. Metodología.......................................................................................................................8
5. RESULTADOS ............................................................................................................................11
6. CONCLUSIONES ........................................................................................................................12
7. BIBLIOGRAFÍA...........................................................................................................................12

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1. INTRODUCCIÓN
La técnica de electroforesis en gel de agarosa fue desarrollada por primera vez en la
década de 1930 por Arne Tiselius, desde entonces, la técnica ha sido refinada y mejorada, y
se ha convertido en una herramienta fundamental en la investigación y el diagnóstico médico.
La electroforesis en gel de agarosa es una técnica ampliamente utilizada en biología
molecular y genética para separar moléculas de ADN o ARN según su tamaño. A través de
este proceso, los científicos pueden analizar y comparar fragmentos de ADN de diferentes
muestras, lo que resulta de gran utilidad en investigación, diagnóstico y aplicaciones forenses.
El presente informe se centra en la simulación de electroforesis en gel de agarosa con
ayuda del software SnapGene, esto nos que permite predecir y optimizar los resultados
experimentales antes de llevar a cabo el procedimiento en el laboratorio. Esta simulación no
solo ayuda a ahorrar tiempo y recursos, sino que también contribuye a mejorar la
comprensión de los principios y variables involucradas en este método de separación de
ácidos nucleicos.
2. OBJETIVOS
2.1.Objetivo General
Realizar la simulación de electroforesis en gel de agarosa y su análisis de
secuencia de ADN con el software SnapGene con datos del artículo científico
“Aislamiento de bacterias con potencial biorremediador y análisis de comunidades
bacterianas de zona impactada por derrame de petróleo en Condorcanqui – Amazonas
– Perú”
2.2.Objetivos Específicos
❖ Aplicar los conocimientos aprendidos sobre la secuenciación de ADN.
❖ Explicar el procedimiento de la simulación en el software SnapGene.

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3. MARCO TEÓRICO
3.1.Electroforesis
La electroforesis es una técnica de laboratorio que se utiliza para separar las
moléculas de ADN, ARN o proteínas en función de su tamaño y carga eléctrica. Se usa
una corriente eléctrica para mover las moléculas a través de un gel o de otra matriz.
3.2.Gel de agarosa
La agarosa es un polisacárido constituido por unidades repetidas de una molécula
llamada agarobiosa. Este material se extrae en general de las algas marinas y es
frecuentemente usada en biología molecular para la separación de moléculas,
especialmente ADN por electroforesis (Rochas & Lahaye, 1989).
Es soluble en agua a temperaturas superiores a los 65 °C, dependiendo del grado
de sustituciones hidroxietílicas de sus cadenas laterales. Sustituciones las cuales, se
pueden modificar para provocar que la temperatura de gelificación varíe entre los 17 y
los 40 °C.
La agarosa es un producto natural que forma una matriz inerte y no tóxica que
supone una herramienta indispensable en gran cantidad de técnicas de biología
molecular, bioquímica y biología celular. Su uso más extendido es para construir geles
que permitan separar moléculas de ADN mediante electroforesis, además de ser utilizada
para fijar moléculas a su estructura como anticuerpos, antígenos y enzimas. Igualmente
se utiliza para el cultivo celular y en microbiología. Otros usos menos extendidos son la
utilización de estos geles como matrices en la reparación de tejidos dañados.

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3.3.ADN y ARN
ADN. - Molécula del interior de la célula que contiene la información genética
responsable del desarrollo y el funcionamiento de un organismo. Estas moléculas son el
medio de transmisión de la información genética de una generación a la siguiente. Su
estructura es una hélice bicatenaria unida por enlaces de hidrógeno débiles entre los pares
de bases nucleotídicas purínicas y pirimidínicas: la adenina (A) se une con la timina (T)
y la guanina (G) se une con la citosina (C). También se llama ácido desoxirribonucleico
y DNA.
ARN. - El ácido ribonucleico (ARN) es un ácido presente en todas las células
vivas que tiene similitudes estructurales con el ADN. Sin embargo, a diferencia del ADN,
es más frecuente que el ARN esté formado por una única cadena. Una molécula de ARN
tiene un eje formado por grupos fosfato alternantes y el azúcar ribosa, en lugar de la
desoxirribosa del ADN. Unida a cada azúcar hay una de cuatro bases: adenina (A), uracilo
(U), citosina (C) o guanina (G). Existen diferentes tipos de ARN en las células: ARN
mensajero (ARNm), ARN ribosómico (ARNr) y ARN de transferencia (ARNt). Además,
algunos ARN participan en la regulación de la expresión génica. Hay determinados virus
que usan ARN como material genómico propio.

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3.4.Simulación molecular
El modelado o simulación moleculares es un término general que engloba
métodos teóricos y técnicas computacionales para modelar, imitar y predecir el
comportamiento de las moléculas. Las técnicas y métodos utilizados se encuentran en un
amplio rango de campos de la física (termodinámica, mecánica clásica, mecánica
estadística, mecánica cuántica, física matemática y ciencia de materiales), la química
computacional y la bioquímica para el estudio de sistemas moleculares que abarcan desde
pequeños sistemas químicos a grandes moléculas biológicas y materiales cristalinos. Los
cálculos más simples pueden ser realizados a mano, pero inevitablemente se requieren
computadoras para realizar el modelado molecular de cualquier sistema medianamente
complicado. La característica particular de las técnicas de modelado es la descripción a
nivel atómico de los sistemas moleculares; el menor nivel de información es por átomos
individuales (o un pequeño grupo de átomos).
3.5.Software SnapGene
SnapGene proporciona herramientas que le permiten planificar, visualizar y
documentar todos sus procedimientos de biología molecular. La herramienta de
clonación In-Fusion del programa simula fusiones de genes de sus fragmentos de ADN
seleccionados. Mientras trabaja, SnapGene resalta los sitios de restricción del ADN,
marcando automáticamente los sitios bloqueados por metilación, y le permite elegir o
definir conjuntos de enzimas personalizados.
Este software puede importar y exportar una variedad de formatos de archivos
de secuenciación de ADN comunes, como ApE, Gene Construction Kit, GenBank,
DNASTAR Lasergene y MacVector. La aplicación le permite explorar grandes
secuencias de ADN y navegar rápidamente por los cromosomas con la ayuda de controles
inteligentes de búsqueda y zoom. Mientras realiza todas estas funciones, SnapGene
registra automáticamente cada paso de su proyecto de clonación, cada vez que edita una
secuencia o realiza una simulación, el procedimiento se registra en un historial gráfico.
4. MATERIALES Y MÉTODOS
4.1.Materiales
a) Materiales de escritorio
✓ Laptop
b) Software utilizado
✓ National Library of Biotechnology Information

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✓ Software SnapGene
4.2.Metodología
• Primero identificamos en el articulo “Aislamiento de bacterias con potencial
biorremediador y análisis de comunidades bacterianas de zona impactada por
derrame de petróleo en Condorcanqui – Amazonas – Perú” los codigos de
accesión
• Nos dirigimos al NIH (national of library medicine),
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ , en el buscador escribimos los códigos de
accesión y nos aparecerá la secuencia, también nos muestra la cantidad de pares
de base de nucleótidos.

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• Descargamos la secuencia de todos los codigos de accesión en formato FASTA
DNA.
• Abrimos el software SnapGene y abrimos la primera secuencia descargada.

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• Volvemos a guardar la secuencia, pero en formato SnapGene DNA.
• El siguiente paso es simular un gel de agarosa

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• Insertamos todos las secuencias y así concluimos con la práctica.
5. RESULTADOS
En la simulación de electroforesis en gel de agarosa utilizando el software de
SnapGnere, se observó que los fragmentos de ADN se separaron únicamente por su tamaño
o longitud (kb), esto se da porque todas las moléculas de ADN tienen la misma cantidad de
carga por masa. La electroforesis nos permitió ver cuántos fragmentos diferentes de ADN
están presentes en una muestra y cuán grandes son unos con respecto a otros. También
pudimos determinar el tamaño absoluto de un fragmento de ADN examinándolo junto a una
"escala" estándar de fragmentos de tamaño conocido

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6. CONCLUSIONES
En conclusión, el software SnapGene es una herramienta muy practica e interactiva
para poder realizar simulaciones fuera de laboratorio. Además, la explicación previa del
docente sobre como trabajar con el programa ayudo a obtener resultados confiables y que
la practica sea un éxito.
Gracias a esta practica realizada logramos una retroalimentación de los
conocimientos que se fueron adquiriendo en clases anteriores y también recibimos nueva
información que nos ayudara en los diferentes cursos académicos.
7. BIBLIOGRAFÍA
National Center for Biotechnology Information. (2023). Nih.gov.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
SnapGene | Software for everyday molecular biology. (2016). SnapGene.
https://www.snapgene.com/
Electroforesis en gel (artículo) | Khan Academy. (n.d.).
https://es.khanacademy.org/science/apbiology/gene-expression-and-
regulation/biotechnology/a/gel-electrophoresis