Este documento describe la realización de una simulación de electroforesis en gel de agarosa utilizando el programa SnapGene y los datos de un artículo científico. Se analizan conceptos como el software SnapGene, el sitio web NCBI, ADN, ARN y la técnica de electroforesis. Luego se describe la metodología donde se descargan 13 secuencias bacterianas del NCBI y se simula la electroforesis en SnapGene. Finalmente, se muestran los resultados y conclusiones sobre el comportamiento de los fragmentos de ADN.

2. Contenido
1. INTRODUCCIÓN..................................................................................................................... 2
2. OBJETIVOS.............................................................................................................................. 3
2.1. Objetivo General ............................................................................................................... 3
2.2. Objetivos Específicos......................................................................................................... 3
3. MARCO TEÓRICO ................................................................................................................. 3
3.1. Software Snap Gene.......................................................................................................... 3
3.2. Centro Nacional para la Investigación Biotecnológica (NCBI)..................................... 4
3.3. ADN Y ARN....................................................................................................................... 5
3.4. Electroforesis ..................................................................................................................... 5
3.5. Gel de Agarosa................................................................................................................... 6
4. METODOLOGÍA ..................................................................................................................... 6
5. RESULTADOS........................................................................................................................ 11
6. CONCLUSIÓNES................................................................................................................... 11
7. CUESTIONARIO.................................................................................................................... 12
8. REFERENCIAS ...................................................................................................................... 16
Referencias........................................................................................................................................ 16

3. 1. INTRODUCCIÓN
La electroforesis en geles de agarosa es una de las metodologías más utilizadas en el
laboratorio en todo lo relacionado con el trabajo con ácidos nucleicos. Mediante la
electroforesis podemos separar fragmentos de ADN y ARN en función de su tamaño,
visualizarlos mediante una sencilla tinción, y de esta forma determinar el contenido de
ácidos nucleicos de una muestra, teniendo una estimación de su concentración y grado
de entereza. Podemos además extraer del gel los fragmentos de ADN que sean de interés,
para posteriormente utilizarlos en diferentes aplicaciones.
SnapGene proporciona una forma sencilla y segura de planificar, visualizar y documentar
los procedimientos diarios de biología molecular. El software tiene una interfaz intuitiva
que puede realizar visualización de secuencias de ADN, anotación de secuencias, edición
de secuencias, clonación, visualización de proteínas y simulación de métodos de
clonación comunes.
Esta práctica de simulación de electroforesis en gel de agarosa utilizando el programa
SNAP GENE utilizando los datos del articulo científico. Del articulo utilizamos las cebas
bacterianas aisladas que se encontraron en las muestras de agua contaminada y suelo
contaminado lo cual obtuvimos 13 cepas bacterianas seguidamente cada una fue buscada
en el sitio web del NCBI seguidamente cada secuencia de cada bacteria fue guarda en
una carpeta y luego se abrió el programa que se instaló el SNAPGENE y ahí se abrió
cada una de las 13 cepas bacterianas guardadas donde pudimos observar la recolección
de la secuencia de su ADN, para después obtener el fundamento de la técnica de
electroforesis, usando el programa SnapGene.

4. 2. OBJETIVOS
2.1. Objetivo General
Realizar una simulación de electroforesis en gel de agarosa utilizando el programa
SnapGene con los datos del articulo científico ´´Aislamiento de baterías con
potencial biorremediador y análisis de comunidades bacterianas de zona impactada
por petróleo en Condorcanqui – Amazonas – Perú´´
2.2. Objetivos Específicos
• Analizar los conceptos básicos como el uso de los programas de simulación,
además de conocer el software SnapGene y el NCBI.
• Definir los términos de la técnica de electroforesis en el gel agarosa
• Analizar las secuencias presentadas en el artículo en la página web NCBI con la
asimilación del gel agarosa en el programa SnapGene.
3. MARCO TEÓRICO
3.1. Software Snap Gene
El software a utilizar Snap Gene admite una gran cantidad de formatos de archivo.
Como resultado, sus científicos pueden cambiar por completo a Snap Gene sin perder
datos, o pueden continuar usando software heredado junto con Snap Gene sin
conflictos.
Aprovechen el eficiente manejo de datos de Snap Gene para escanear grandes
secuencias de ADN con miles de características anotadas. Visualización de la
proteína Vea las múltiples vistas de una secuencia de proteínas. Personaliza la

5. visualización de regiones, sitios, enlaces y colores de secuencia. Edición de
secuencia intuitiva Edita fácilmente las secuencias de ADN y proteínas.
Snap Gene genera automáticamente un registro de cada edición de secuencia y
procedimiento de clonación, por lo que no perderá la pista de cómo se hizo una
construcción, incluso después de que un miembro del laboratorio se vaya SnapGene
genera automáticamente un registro de cada edición de secuencia y procedimiento
de clonación, por lo que no perderá la pista de cómo se hizo una construcción, incluso
después de que un miembro del laboratorio se vaya.
3.2. Centro Nacional para la Investigación Biotecnológica (NCBI)
El Centro Nacional para la Información Biotecnológica es parte de la Biblioteca
Nacional de Medicina de Estados Unidos, una rama de los Institutos Nacionales de
Salud. Almacena y constantemente actualiza la información referente a secuencias
genómicas en GenBank, un índice de artículos científicos referentes a biomedicina,
biotecnología, bioquímica, genética y genómica en PubMed, una recopilación de
enfermedades genéticas humanas en OMIM, además de otros datos biotecnológicos
de relevancia en diversas bases de datos. Todas las bases de datos del NCBI están
disponibles en línea de manera gratuita, y son accesibles usando el buscador.

6. El NCBI ofrece además algunas herramientas bioinformáticas para el análisis de
secuencias de ADN, ARN y proteínas, siendo BLAST una de las más usadas.
3.3. ADN Y ARN
El ARN y el ADN son polímeros formados por largas cadenas de nucleótidos. Un
nucleótido está formado por una molécula de azúcar (ribosa en el ARN o
desoxirribosa en el ADN) unido a un grupo fosfato y una base nitrogenada. Las bases
utilizadas en el ADN son la adenina (A), citosina (C), guanina (G) y timina (T). En
el ARN, la base uracilo (U) ocupa el lugar de la timina.
Son moléculas relativamente sencillas, pero determinan en gran parte las
características que nos diferencian como especie y, hasta cierto punto, como
individuos. La organización básica de los nucleótidos que los componen determinan
la formación de proteínas.
3.4. Electroforesis
La electroforesis es una técnica para la separación de moléculas según la movilidad
de estas en un campo eléctrico a través de una matriz porosa, la cual finalmente las
separa por tamaños moleculares y carga eléctrica, dependiendo de la técnica que se
use. La técnica clásica utiliza una tira recubierta de una sustancia porosa impregnada
de un electrolito. Sus extremos se sumergen en dos depósitos independientes que
contienen ambos al electrolito y están unidos a los electrodos del generador de

7. corriente. La muestra se deposita en forma de un pequeño trazo transversal en la tira.
La distancia de migración se mide en relación un marcador interno. Las placas son
reveladas con sales de plata, azul de Coomassie, o reactivos en particular.
3.5. Gel de Agarosa
Los geles se comportan como un tamiz molecular y permiten separar moléculas
cargadas en función de su tamaño y forma. Así, moléculas de DNA de diferente
tamaño van a emigrar de forma distinta en una electroforesis en gel de agarosa.
La electroforesis en gel de agarosa se utiliza comúnmente para separar moléculas
en función de su carga, tamaño y forma. Se trata de un medio de separación
especialmente eficaz para las biomoléculas cargadas como el ADN, el ARN y las
proteínas.
4. METODOLOGÍA
• Para la presente practica utilizaremos el programa SNAP GENE para realizar una
SIMULACIÓN DE ELECTROFORESIS EN GEL DE AGAROSA utilizando datos del
articulo científico "Aislamiento de bacterias con potencial biorremediador y análisis

8. de comunidades bacterianas de zona impactada por petróleo en Condorcanqui -
Amazonas – Perú”. El programa ya debe estar previamente instalada en su equipo.
• Primero abriremos la página del NCBI https://www.ncbi.nlm.nih.gov/, en el cual
descargaremos las siguientes secuencias de acuerdo al artículo “Aislamiento de
bacterias con potencial biorremediador y análisis de comunidades bacterianas de zona
impactada por derrame de petróleo en Condorcanqui – Amazonas – Perú”
• Procedemos a descargamos cada una de las secuencias mencionadas anteriormente,
clicando en Enviar a, expediente, formato FASTA y finalmente en crear un archivo.

9. • Ya guardada todas las secuencias.
• Abrimos el software SnapGene, click en OPEN, luego OPEN FILES, seleccionamos
las secuencias guardadas, e insertamos.

10. • Para añadir las otras secuencias restantes clicamos en “TOOLS”, luego EN
SIMULATE AGAROSE GEL. Esto nos llevará a una nueva ventana donde
agregaremos las demás secuencias.
• Aplicaremos el 1.0 % de agarosa.
• Adjuntamos las secuencias restantes haciendo click en los números, luego en
CHOOSE DNA SEQUENCES, abrimos la secuencia que sigue.

11. • Se puede observar cómo nos apareció y hacemos este paso con las 13 cepas
bacterianas aisladas (secuencias que hemos guardado en la carpeta).

12. 5. RESULTADOS
• Insertadas las 13 especies estudiadas del artículo, gracias a la simulación con gel de
agarosa podemos apreciar el comportamiento de los 13 nucleótidos.
6. CONCLUSIÓNES
En el programa SnapGene se realizó con 13 cepas bacterianas las cuales pudimos hacer
la simulación de electroforesis en gel de agarosa utilizando el programa, fue fácil de
manipular con las respectivas indicaciones, en el cual el total de muestras escogidas
permitió dar a conocer el grafico de las bandas, la asimilación de gel agarosa permitió la
separación de cadenas en tamaños pequeños en el grafico en unidad de kb, también se
pudo reconocer las secuencias de genes específicas con las enzimas de restricción
identificadas en el proceso final.
La electroforesis en gel es una técnica utilizada para separar fragmentos de ADN según
su tamaño. Además, las muestras de ADN se cargan en pozos (ranuras) en un extremo de
un gel y se aplica una corriente eléctrica para arrastrarlas a través del gel.

13. Conocer este programa y saber las funciones que puede realizar es muy importante para
los estudiantes y también términos como gel agarosa y electroforesis fue crucial para
entablar los objetivos, el procedimiento y por ende las conclusiones finales de la práctica.
7. CUESTIONARIO
Indique diferencias entre el AND y ARN
Algunas de las diferencias entre ADN y ARN, por ejemplo, que el ADN es de cadena
doble y el ARN de cadena simple. Otras diferencias:
¿Qué es el SnapGene y como nos serviría en ingeniería ambiental?
SnapGene es el primer software de biología molecular, genera automáticamente un
registro de cada edición de secuencia y procedimiento de donación. Asimismo, nos
permite la visualización de secuencias de ADN, la anotación de secuencias, la edición de
secuencias, la clonación, la visualización de proteínas y la simulación de métodos de
clonación comunes.

14. En la ingeniería ambiental nos serviría, por ejemplo, para disponer de de
microorganismos suficientes con potencial biorremediador, esto gracias a la clonación
como proceso estipulante del software en reconocimiento
¿Qué es el GEN 16s y para qué tipos de microorganismos sería útil?
El ARN ribosomal 16S, conocidos como genes del ARNr 16S, y se utilizan para la
reconstrucción de filogenias debido a sus bajas tasas de evolución.
Esta molécula ha sido reconocida como un poderoso marcador universal debido a que se
encuentra en todos los organismos conocidos. Su estructura parece mantenerse por largos
periodos de tiempo y, como su función no ha cambiado, los cambios en la secuencia
probablemente son aleatorios.
El gen ARNr 16S ha demostrado ser de gran utilidad para describir y caracterizar las
comunidades microbianas marinas, especialmente los organismos no cultivados. Las
nuevas técnicas de secuenciación han contribuido al incremento exponencial de registro
de secuencias, aunque parciales, del ARNr 16S como elemento de código de barras para
microorganismos. Consecuentemente, ha sido necesaria una revisión de conceptos y
métodos de clasificación taxonómica para estos organismos.
Describir el proceso de electroforesis para ADN
La electroforesis es un método de separación de biomoléculas como el ADN o ARN de
acuerdo a su tamaño, permitiendo además su aislamiento cortando la zona de interés. La
electroforesis en ácidos nucleicos es muy versátil, porque permite una observación
directa de cada fragmento separado directamente en el gel, ya que, su tinción mediante
un compuesto llamado bromuro de etidio, hace visible al ADN o ARN (fluoresce)

15. mediante la emisión de luz ultravioleta. Cuando una corriente eléctrica se aplica sobre el
gel de agarosa el ADN tiene una carga negativa y migra hacia el ánodo (polo positivo).

16. ¿Qué es la agarosa?
La agarosa es un polímero lineal compuesto de residuos alternantes de D-galactosa y 3,6-
anhidro-L-galactosa unidos por enlaces glucosídicos α(13) y β(14). Las cadenas del
polímero de agarosa forman fibras helicoidales, que al solidificar forma una malla
tridimensional de canales con diámetros entre 50 y >200 nm (Kirkpatrick 1990).
La agarosa es un producto natural que forma una matriz inerte y no tóxica que supone
una herramienta indispensable en gran cantidad de técnicas de biología molecular,
bioquímica y biología celular. Su uso más extendido es para construir geles que permitan
separar moléculas de ADN mediante electroforesis, además de ser utilizada para fijar
moléculas a su estructura como anticuerpos, antígenos y enzimas. Igualmente se utiliza
para el cultivo celular y en microbiología.
¿Qué es un marcador de peso molecular, cuáles son sus tipos?
Los marcadores de peso molecular para ADN son una herramienta utilizada durante la
electroforesis para conocer el tamaño estimado de un fragmento y es comúnmente usada
en laboratorios de biología molecular, al igual que, en áreas como la medicina, la
agricultura, la industria, entre otras.
Existen dos tipos de marcadores moleculares: los marcadores bioquímicos y los
marcadores de ADN. Los marcadores bioquímicos incluyen a las proteínas y las
isoenzimas o aloenzimas y constituyen la primera generación de marcadores moleculares.

17. 8. REFERENCIAS
Referencias
EDVOTEK. (2018). Principios y práctica de la electroforesis en gel de agarosa . Obtenido de
https://www.edvotek.com
Fierro, F. F. (s.f.). Electroforesis de ADN. Mexico: Universidad Autónoma Metropolitana.
Lawrence C. Brody, P. (s.f.). Nucleotido. Obtenido de NIH: https://www.genome.gov
Mora, D. A., & Rodríguez, A. S. (Octubre de 2017). Access Medicina. Obtenido de Electroforesis:
https://accessmedicina.mhmedical.com
NCBI. (s.f.). Obtenido de Centro Nacional de Informacion Biotecnologica:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov
Rodicio, M. d. (2004). Identificación bacteriana mediante secuenciación del ARNr 16S. España:
Universidad de Oviedo.
Salud, C. d. (27 de Octubre de 2017). ADN y ARN concepto, diferencias y funciones. Obtenido de
https://www.universidadviu.com/pe