La segunda etapa del porfiriato se caracterizó por un gobierno cada vez más autoritario y centralizado bajo Porfirio Díaz entre 1888 y 1908. Se buscó explotar la habilidad de los "científicos" para fomentar la economía, aunque también hubo oposición política y la negación de recursos para el ejército. Se realizaron importantes obras de infraestructura pero también hubo violaciones a los derechos y autonomía de grupos indígenas y obreros.