Mutis fue el primero en dedicarse al estudio de las ciencias naturales en la Nueva Granada. En 1783, inició la Real Expedición Botánica del Nuevo Reino de Granada con el apoyo del virrey, la cual duró 33 años catalogando 20,000 especies vegetales y 7,000 animales. Durante sus 7 años en Mariquita, Mutis formó el primer jardín botánico de Colombia para aclimatar importantes plantas como el café y la quina.