El Consejo Superior de la Universidad de La Guajira se reúne ordinariamente cada mes y extraordinariamente cuando lo solicitan cuatro de sus miembros o el Rector. Tiene funciones como expedir y modificar los estatutos de la universidad, aprobar planes de desarrollo, establecer la estructura académica y administrativa, autorizar la creación de programas y seccionales, y aprobar el presupuesto. El Consejo Superior está compuesto por el Rector y representantes de diferentes estamentos de la universidad.