Pagani comenzó el diseño de su propio auto a fines de la década de 1980 llamado inicialmente "Proyecto C8" y luego "Fangio F1" en honor a Juan Manuel Fangio. En 1991 se fundó Pagani Modena Design para satisfacer la demanda de sus servicios de diseño e ingeniería. En 1994, Mercedes-Benz acordó suministrar motores V12 a Pagani. El primer auto de producción fue el Zonda C12 presentado en el Salón de Ginebra de 1999.