Este informe describe el uso del software MEGA para construir un árbol filogenético utilizando datos del gen 16S. El autor recolectó 30 secuencias del gen 16S de diferentes organismos y las alineó en MEGA. Luego, MEGA generó un árbol filogenético utilizando el método UPGMA que muestra las relaciones evolutivas entre los organismos basadas en las similitudes en sus secuencias del gen 16S.

1. UNIVERSIDAD NACIONAL
DE MOQUEGUA
TEMA:
“INFORME DE USO DEL SOFTWARE MEGA DNA”
DOCENTE:
Dr. HEBERT HERNAN SOTO GONZALES
CURSO:
BIOTECNOLOGÍA
ESTUDIANTE:
RUTH MAYRA APAZA FORAQUITA
FECHA DE ENTREGA:
22/10/2021
ILO - MOQUEGUA

2. INDICE
Contenido
I. INTRODUCCIÓN.........................................................................................................3
II. OBJETIVOS ................................................................................................................4
2.1. Objetivo general:...................................................................................................4
2.2. Objetivos específicos:...........................................................................................4
III. METODOLOGIA..........................................................................................................5
3.1. Materiales.............................................................................................................5
3.2. Procedimiento.......................................................................................................5
IV. CONCLUSIONES......................................................................................................10
V. BIBLIOGRAFIA..........................................................................................................11

3. I. INTRODUCCIÓN
En los métodos filogenéticos reconstruyen árboles en los que las ramas y los
nodos unen diferentes taxones. La mayoría de árboles filogenéticos se crean a partir de
datos moleculares ya sea ADN, ARN o proteínas. El Nitrógeno es un elemento necesario
en la composición de proteínas, ácidos nucleicos y otros componentes celulares, siendo
así una molécula esencial para el crecimiento de todos los organismos. El proceso a
través del cual esos microorganismos reducen el nitrógeno hasta una forma utilizable es
conocido como Fijación Biológica de Nitrógeno.
El proceso puede ser llevado a cabo por los microorganismos en vida libre o en
simbiosis con plantas, y el mismo no sólo permite usar el nitrógeno atmosférico sino
también revertir o reducir la degradación del suelo. Los genes nif también codifican una
serie de proteínas reguladoras implicadas en la fijación de nitrógeno, estas se
encuentran en ambas bacterias fijadoras de nitrógeno de vida libre y en bacterias
simbióticas asociadas con varias plantas. Las Similitudes y diferencias entre secuencias
biológicas relacionadas han sido analizadas y visualizadas en el contexto de árboles
filogenéticos. De manera que nos permitan comprender más acerca de su proceso
evolutivo a partir de ancestros comunes.
La secuenciación de ADN es el proceso de la determinación de una secuencia
de nucleótidos de ciertas moléculas de ADN, desde un segmento corto de una sola
molécula, tal como una región reguladora o un gen, hasta colecciones de genomas
enteros. La primera revolución en el campo de la secuenciación del ADN se llevó a cabo
en la segunda mitad de la década de 1970 (Maxam & Gilbert, 1970)con métodos
diseñados por Allan Maxam y Walter Gilbert (Gilbert, 1977), así como por Frederick
Sanger y colaboradores. Ambas técnicas incrementaron en gran medida el rendimiento
de la secuenciación del ADN. Esta técnica dominó la secuenciación de ADN en las
siguientes décadas y condujo a la determinación de una secuencia de referencia del
genoma humano completo al comenzar el nuevo milenio.
MEGA X avanza en la distribución entre plataformas, se ejecuta ahora de forma
nativa en sistemas Linux, tiene capacidades de rendimiento avanzadas para la
construcción de árboles de arranque y la selección de modelos; esto nos ayuda para la
construcción de árboles Bootstrap.

4. II. OBJETIVOS
2.1. Objetivo general:
 El objetivo del software MEGA es proporcionar herramientas para explorar,
descubrir, analizar secuencias y para ver el árbol filogenético del organismo.
2.2. Objetivos específicos:
 Descubrir cómo funciona el software MEGA con los datos de gen 16S.
 Construir un árbol Filogenético con los diversos datos el gen 16S.

5. III. METODOLOGIA
3.1. Materiales
 Laptop o Computadora
 Internet
 Programa (MEGA)
3.2. Procedimiento
Para realizar este trabajo realizamos los siguientes pasos:
PASO N°01: Primeramente, abrimos el programa MEGA ya que esta nos ayudara a analizar las
secuencias del gen 16S:
Ilustración 1: Programa MEGA
Fuente: Propia, Captura de pantalla del programa MEGA, 2021.
Paso N°02: Le damos Click y vamos a Query Databanks y presionamos
Ilustración 2: Programa MEGA paso N°02
Fuente: Propia, Captura de pantalla del programa MEGA, 2021.

6. Paso N°03: Automáticamente nos abrirá una ventana
Ilustración 3: Programa MEGA paso N° 03
Fuente: Propia, Captura de pantalla del programa MEGA, Web Browser, 2021.
Paso N° 04: Buscamos el gen 16S en la ventana Web Browser
Ilustración 4: Buscamos 16S en la ventana de WEB BROWSER paso N°04
Fuente: Propia, Captura de pantalla del programa MEGA, Web Browser busqueda, 2021.
Paso N° 05: Seleccionamos la primera opción, esto haremos con 10 opciones de las cuales
tomaremos 3 de cada una para así tener 30 datos de cada.
Ilustración 5:Busqueda delGen 16S en la Web Browser
Fuente: Propia, Captura de pantalla del programa MEGA, Web Browser búsqueda, 2021.

7. Paso N° 06: Le damos clic en la primera opción y esto haremos con los primeros 3 datos.
Ilustración 6: Captura de la búsqueda
Fuente: Propia, Captura de pantalla del programa MEGA, Web Browser búsqueda, 2021.
Paso N° 07: Damos clic en la opción ADD TO ALIGNMENT, con todas las búsquedas.
Ilustración 7: Le damos Clic en ADD TO ALIGNMENT
Fuente: Propia, Captura de pantalla del programa MEGA, Web Browser búsqueda, 2021.
Paso N° 08: Le damos Clic en Ok para así registrar los datos.
Ilustración 8: Le damos clic para optener los Datos
Fuente: Propia, Captura de pantalla del programa MEGA, Web Browser búsqueda, 2021.

8. Paso N° 09: Y así veremos los datos en otra ventana, repetimos este proceso de tal manera
obtendremos 30 datos.
Ilustración 9: Captura de otra ventada donde se registra los datos
Fuente: Propia, Captura de pantalla del programa MEGA, Web Browser búsqueda, 2021.
Paso N° 10: Después de obtener los 30 datos damos en la opción del brazo para ordenar la
secuencia obteniendo la siguiente imagen
Ilustración 10: Captura de los Datos obtenidos
Fuente: Propia, Captura de pantalla del programa MEGA, Web Browser búsqueda, 2021.
Paso N° 11: Continuando le damos clic en la opción de PHYLOGENY, después seleccionamos
la opción de Construct/Test UPGMA tree
Ilustración 11: Captura del paso N° 11
Fuente: Propia, Captura de pantalla del programa MEGA, Web Browser búsqueda, 2021.

9. Paso N° 12: Nos dará el siguiente grafico más conocido como el árbol filogenético del organismo
Ilustración 12: Obtención del árbol filogenético del organismo
Fuente: Propia, Captura de pantalla del programa MEGA, árbol filogenético del organismo,
2021.
Paso N° 13: Resultado FINAL Del Árbol Filogenético del organismo.
Ilustración 13: Resultado Final
Fuente: Propia, Captura de pantalla del programa MEGA, RESULTADO FINAL, 2021.

10. IV. CONCLUSIONES
Se concluyó que el programa MEGA no es tan amigable con el usuario que no
tiene conocimiento de cómo funciona, pero es fácil de aprender a usarlo. Esta aplicación
de bioinformática es muy importante ya que nos facilidad encontrar la similitud de los
microorganismos.
Además, al ser un programa instalado, la conectividad a internet no es un
limitante para su f un limitante para su funcionamiento. Se logró obtener un árbol
filogenético que de tener un árbol filogenético que demostró que las muestras tienen
gran similitud que las muestras tienen gran similitud entre ellas.

11. V. BIBLIOGRAFIA
Gilbert, A. M. (1977). Métodos clásicos de secuenciación. Obtenido de Métodos
clásicos de secuenciación: http://www2.iib.uam.es/seq/tecnicas/maxam.htm
Maxam, A., & Gilbert, W. (1970). Secuenciación Maxam-Gilbert. Obtenido de
WINKIPEDIA: https://es.wikipedia.org/wiki/Secuenciaci%C3%B3n_Maxam-
Gilbert
Vélez Michelle (2017). Ejecución de programas de alineamiento. Universidad
Universidad de las Fuerzas – ESPE Departamento de Ciencias de la Vida y
la Agricultura.