PRÁCTICA DE SIMULACIÓN DE ELECTROFORESIS EN GEL DE AGAROSA UTILIZANDO EL PROGRAMA SNAP GENECON DATOS DEL ARTICULO CIENTIFICO "AISLAMIENTO DE BACTERIAS CON POTENCIAL BIORREMEDIADOR Y ANALISIS DE COMUNIDADES BACTERIANAS DE ZONA IMPACTADA POR PETROLEO EN CONDORCANQUI - AMAZONAS - PERÚ.

1. UNIVERSIDAD NACIONAL
DE MOQUEGUA
TEMA:
“PRÁCTICA DE SIMULACIÓN DE ELECTROFORESIS EN GEL DE AGAROSA UTILIZANDO EL
PROGRAMA SNAP GENECON DATOS DEL ARTICULO CIENTIFICO "AISLAMIENTO DE
BACTERIAS CON POTENCIAL BIORREMEDIADOR Y ANALISIS DE COMUNIDADES BACTERIANAS
DE ZONA IMPACTADA POR PETROLEO EN CONDORCANQUI - AMAZONAS - PERÚ”
DOCENTE:
Dr. HEBERT HERNAN SOTO GONZALES
CURSO:
BIOTECNOLOGÍA
ESTUDIANTE:
RUTH MAYRA APAZA FORAQUITA
FECHA DE ENTREGA:
29/10/2021
ILO - MOQUEGUA

2. INDICE
Contenido
I. INTRODUCCIÓN........................................................................................................ 3
II. OBJETIVOS ............................................................................................................... 4
2.1. Objetivo general:......................................................................................................... 4
2.2. Objetivos específicos:................................................................................................. 4
III. MARCO TEÓRICO ..................................................................................................... 5
3.1. Electroforesis.............................................................................................................. 5
3.2. SnapGene .................................................................................................................. 5
3.3. Secuencia de ADN...................................................................................................... 5
3.4. Enzimas de Restricción .............................................................................................. 5
IV. METODOLOGIA......................................................................................................... 6
4.1. Materiales................................................................................................................... 6
4.2. Procedimiento............................................................................................................. 6
V. CONCLUSIONES......................................................................................................11
VI. BIBLIOGRAFIA..........................................................................................................12

3. I. INTRODUCCIÓN
La electroforesis es una técnica que se utiliza de forma generalizada en la que,
fundamentalmente, se aplica corriente eléctrica a moléculas biológicas, ya sean ADN,
proteínas o ARN y se separan en función de si son más grandes o más pequeñas. (Belen
Hurle, 2019)
Se utiliza en una gran variedad de aplicaciones como en medicina forense para
determinar la identidad de las personas que puedan haber participado en un delito,
mediante la vinculación de su patrón de ADN -su patrón de electroforesis- a uno que
esté en una base de datos.
El proyecto genoma humano se llevó a cabo con algo que se llama electroforesis
capilar, mediante la separación de ADN en piezas más cortas y su separación en geles
de electroforesis que permite a los patrones de A, C, T y G ser caracterizados.
También son muy importantes en la investigación de proteínas, y en la
investigación de mutaciones genéticas, porque cuando las proteínas o el ADN están
mutados, son con frecuencia más o menos largos, y, por lo tanto, aparecen en un gel
de electroforesis de manera diferente de lo normal.
Las pruebas de diagnóstico para muchos casos todavía se realizan mediante
electroforesis.
La secuenciación del ADN significa determinar el orden de los cuatro
componentes básicos químicos, llamados «bases», que forman la molécula de ADN, No
obstante, existen otros métodos electroforéticos por ejemplo como la electroforesis en
campo pulsado, mayormente manipulado para separar fragmentos más grandes de
ADN y la electroforesis bidimensional que brinda un análisis más acertado de las
proteínas

4. II. OBJETIVOS
2.1. Objetivo general:
• Realizar el análisis de la secuencia de ADN y la electroforesis con el programa
SnapGene con los 13 datos sacados del articulo científico “Aislamiento d
bacterias con potencial biorremediador y análisis de comunidades bacterianas
de zona impactada por derrame de petróleo en Condorcanqui – Amazonas –
Perú
2.2. Objetivos específicos:
• Analizar las secuencias en la electroforesis con los 13 datos.
• Dar a conocer algunos términos necesarios. Construir un árbol Filogenético con
los diversos datos el gen 16S.

5. III. MARCO TEÓRICO
3.1. Electroforesis
La electroforesis es una técnica que se utiliza de forma generalizada en la que,
fundamentalmente, se aplica corriente eléctrica a moléculas biológicas, ya sean ADN,
proteínas o ARN (Austin, 2017). Se utiliza en una gran variedad de aplicaciones como
en medicina forense para determinar la identidad de las personas que puedan haber
participado en un delito, mediante la vinculación de su patrón de ADN -su patrón de
electroforesis- a uno que esté en una base de datos.
El proyecto genoma humano se llevó a cabo con algo que se llama
electroforesis capilar, mediante la separación de ADN en piezas más cortas y su
separación en geles de electroforesis que permite a los patrones de A, C, T y G ser
caracterizados. También son muy importantes en la investigación de proteínas, y en
la investigación de mutaciones genéticas, porque cuando las proteínas o el ADN están
mutados, son con frecuencia más o menos largos, y por lo tanto, aparecen en un gel
de electroforesis de manera diferente de lo normal.
3.2. SnapGene
Es una aplicación para manejo de procedimientos de biología molecular.
Presenta herramientas útiles para análisis de secuencia de ADN y admite una
variedad de formatos de archivo comunes.
3.3. Secuencia de ADN
Significa determinar el orden de los cuatro componentes básicos químicos,
llamados "bases", que forman la molécula de ADN.
Además, y de manera muy importante, los datos de las secuencias pueden
resaltar los cambios en un gen que pueden causar enfermedades.
3.4. Enzimas de Restricción
Se utilizan para reconocer secuencias de genes específicas y luego reinsertar
fragmentos en el genoma de otro organismo, usando un vector apropiado, para que
así se aproveche las propiedades de especificidad y la producción de extremos
cohesivos por algunas enzimas de restricción.

6. IV. METODOLOGIA
4.1. Materiales
• Laptop o Computadora
• Internet
• Programa instalado (SnapGene)
4.2. Procedimiento
Para realizar este trabajo realizamos los siguientes pasos:
PASO N°01: Primeramente, abrimos el programa SnapGene ya que esta nos ayudara a analizar
las secuencias de ADN:
Ilustración 1: Programa SnapGene
Fuente: Propia, Captura de pantalla del programa SnapGene, 2021.
Paso N°02: Le damos Click y vamos a Query Databanks y presionamos
Ilustración 2: Programa MEGA paso N°02
Fuente: Propia, Captura de pantalla del programa SnapGene, 2021.

7. Paso N°03: Automáticamente nos abrirá una ventana
Ilustración 3: Programa SnapGene paso N° 03
Fuente: Propia, Captura de pantalla del programa SnapGene, 2021.
Paso N° 04: En el artículo brindado por el Docente a cargo buscamos nos presenta una tabla
de los cuales solo usaremos solo los datos de N° de Accesión.
Ilustración 4: Datos del articulo paso N°04
Fuente: Propia, Captura de pantalla de los datos del articulo científico, 2021.
Paso N° 05: Buscamos los datos seleccionamos en la página de NCBI:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
Ilustración 5:Búsqueda de los datos en la página NCBI
Fuente: Propia, Captura de pantalla de la búsqueda, 2021.

8. Paso N° 06: Le damos clic en SEARCH para buscar y seleccionamos la primera opción.
Ilustración 6: Captura de la búsqueda
Fuente: Propia, Captura de pantalla de la búsqueda, 2021.
Paso N° 07: Nos abrirá una ventana; le damos clic en SEND TO
Ilustración 7: Le damos Clic en ADD TO ALIGNMENT
Fuente: Propia, Captura de pantalla de la búsqueda, 2021.
Paso N° 08: Luego seleccionamos File y también ponemos en modo Fasta para guardar los
datos y le damos Create File.
Ilustración 8: Le damos clic para optener los Datos
Fuente: Propia, Captura de pantalla de los resultados de la búsqueda, 2021.

9. Paso N° 09: Y así nos dará en la parte de abajo los datos que estamos descargando y ponemos
abrir.
Ilustración 9: Captura de la descarga de datos
Fuente: Propia, Captura de pantalla de la descarga de los datos, 2021.
Paso N° 10: Después nos abrirá la siguiente ventana y le damos ok
Ilustración 10: Captura de los Datos obtenidos
Fuente: Propia, Captura de pantalla de la ventana que nos abre, 2021.
Paso N° 11: Automáticamente nos dará una representación de todos los datos obtenidos.
Ilustración 11: Captura de la representación de los datos obtenidos paso N° 11
Fuente: Propia, Captura de la representación de datos, 2021.

10. Paso N° 12: Luego seleccionamos Tools y seleccionamos Simulate Agarose Gel
Ilustración 12: Selección de opciones de los datos descargados
Fuente: Propia, Captura de pantalla del programa SnapGene, 2021.
Paso N° 13: Luego nos dará una ventana con los datos descargados nucleótidos en la
electroforesis con la simulación del gel agarosa en el programa; este proceso se realizará con
todos los datos de la tabla.
Ilustración 13: Electroforesis
Fuente: Propia, Captura de pantalla del programa SnapGne, 2021.
Paso N° 13: Este proceso se realizará con todos los datos que tenemos que buscar del articulo
científico siendo en total 13 datos.
Ilustración 14: Electroforesis con los 13 datos
Fuente: Propia, Captura de pantalla del resultado final del programa SnapGne, 2021.

11. V. CONCLUSIONES
Se dio a conocer los términos para esta práctica fue crucial para entablar los
objetivos, así mismo se detalló el procedimiento y por ende podemos concluir que los
objetivos de esta presente practica se llegó a cumplir de manera satisfactoria.
Como también se aprendió a utilizar esta aplicación de SnapGene, en el cual el
total de muestras escogidas permitió dar a conocer el grafico de las bandas sin ningún
inconveniente, la asimilación de gel agarosa permitió la separación de cadenas en
tamaños pequeños en el grafico en unidad de kb, junto también a NCBI donde pudimos
buscarlos datos del N° de Accesión, que en total seria 13 datos.
Esta practica fue realizada de manera muy didáctica ya que el docente a cargo
del curso de biotecnología nos dio las respectivas indicaciones de la realización de esta.

12. VI. BIBLIOGRAFIA
Austin, C. P. (2017). Electroforesis. . Obtenido de https://www.genome.gov/es/genetics-
glossary/Electroforesis
Belen Hurle, P. C. (2019). National Human Genome Research Institute. National Human
Genome Research Institute. Obtenido de
https://www.nature.com/articles/gim201314.pdf
GPRC snapgene. (2011). Obtenido de https://es.scribd.com/document/497882213/GPRC-
snapgene