La Secretaría organiza y coordina el sistema de control y evaluación gubernamental, inspecciona el gasto público federal y expide normas para regular los instrumentos de control administrativo. También vigila el cumplimiento de normas de control, establece bases para auditorías, dirige el Sistema de Servicio Profesional, realiza auditorías para promover eficiencia, recibe declaraciones patrimoniales de servidores públicos, investiga conductas administrativas, y administra inmuebles federales.