Los sistemas de tratamiento biológico se basan en usar microorganismos para consumir la materia orgánica en el agua. Transforman material disuelto y coloidal en biomasa microbiana, fácilmente removable. Requieren considerar el manejo de lodos y subproductos. Funcionan como cultivos microbianos para remover contaminantes del agua a través de procesos como hidrólisis, glicólisis y reacciones aeróbicas que generan ATP.