La metabolómica analiza moléculas pequeñas que constituyen el metabolismo celular para medir la actividad fisiológica. El análisis del metaboloma puede mostrar cambios en las concentraciones de metabolitos como resultado de la expresión o supresión de genes. La metabolómica une fenotipos metabólicos a sus genotipos correspondientes y tiene aplicaciones en agricultura, medicina, y toxicología ambiental.