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Taller:
Cienciometría, información e
informática para Ciencias Biológicas
Profesores:
Dra. Layla Michán Aguirre
M. en C. Patricia Magaña Rueda
Biól. Diana Ramírez Álvarez
Biól. Eduardo Alvarez López
Disciplina científica especializada en caracterizar, estudiar,
recolectar, sistematizar, preservar, curar, recuperar,
clasificar, evaluar, procesar, compartir, usar, publicar,
visualizar y analizar cualitativa y cuantitativamente por
procesos computacionales la literatura biológica, los
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Informática Biológica
Meta-análisis
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Ciencias Biológicas
Impacto de la
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biología
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•Estructura
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Análisis de redes
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Semántica
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Estudios métricos de la información
Objetivo general
El estudiante realizará una investigación de informática
basado en el análisis cuantitativo y cualitativo de
literatura biológica y los metadatos asociados para
resolver un problema biológico en el área de
biomedicina o biodiversidad, durante 2 años (4 niveles)
de taller.
Nivel I. Web para Bibliografía
Nivel III. Meta-análisis de
literatura
Nivel II.
Colecciones
bibliográficas
Nivel IV. Tesis
Nivel Criterios
I y II 95% Asistencia indispensable para presentar los exámenes
40% Dos exámenes parciales: uno teórico y uno práctico
40% Trabajo final (Revisión escrita y presentación oral del trabajo)
20% Tareas
III 95% Asistencia indispensable para presentar los exámenes
30% Dos exámenes parciales: uno teórico y uno práctico
50% Trabajo final: tema de tesis tentativo (Revisión escrita y presentación oral del
trabajo)
20% Tareas
IV 95% Asistencia indispensable para presentar los exámenes
20% Dos exámenes parciales: uno teórico y uno práctico
60% Trabajo final: avance de tesis (pregunta documental, evaluación de colecciones,
hipótesis, método establecido, resultados)
20% Presentación oral de los avances de tesis (Incluyendo resultados)
Evaluación
PROYECTOS
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Biodiversidad
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Estudios métricos de la información
Obtención de indicadores bibliométricos
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Biodiversidad
Biomedicina
Estructuración de información biomédica
Creación de tesauros
Creación de catálogos
Estándares en biomedicina
Bases de datos biomédicas
Creación de colecciones biomédicas
Ciberinfraestructura en las bases de datos biomédicas
Biomedicina
➢ Creación de tesauros farmacológicos.
➢ Identificación y modificación de plantilla de estándares para curación de
datos farmacológicos.
➢ Diseño de estructura para datos farmacológicos.
➢ Adecuación de estándares internacionales a plantillas y catalogación de
datos farmacológicos.
➢ Curación de datos biomédicos.
➢ Elaboración de vocabularios controlados para reacciones adversas y
efectos secundarios para creación de calculadoras de posología.
➢ Análisis y tendencias de la literatura especializada en biomedicina.
➢ Análisis y recuperación de información de bases de datos biomédicas.
➢ Generación de competencias informacionales para profesionales,
académicos y comunidad que utiliza información para ciencias biomédicas.
Biomedicina
➢ Revisión de temas fármaco-fisio-cardiovasculares
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➢ Revisión bibliográfica sobre fármaco-fisio-cardiovasculares
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➢ Revisión de
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● Capa XML: se encuentra en el nivel
inferior y es la que permitirá estructurar
los datos.
● Capa RDF: es la capa siguiente, tiene a
su cargo la definición de la semántica de
los datos.
● Capa Ontology: luego viene la capa que
define las relaciones entre los recursos.
● Capa Logical: es la capa superior y
define las reglas y mecanismos para
hacer inferencias sobre los datos.
● Capas Proof y Trust: ejecutan y evalúan
juntas las reglas de la capa lógica para
determinar la fiabilidad del recurso. Aquí
es donde interviene la firma digital, el
concepto de comercio seguro.
TOMADO DE. Interacciones.com.ar, (2003). Web semántica, ontologias y rdf | Interacciones. [en línea] Disponible
en: http://www.interacciones.com.ar/web-semantica-ontologias-y-rdf/ [Consultado 11 mayo 2014].
Resultados
En proceso de titulación
9 tesistas CIIB
2 tesistas en colaboración
Actualmente
6 publicaciones CIIB
5 publicaciones en colaboración
Apoyos
Proyecto PAPIME “Web 2.0 y 3.0 para el dominio de la
literatura biológica”
Proyecto CONACYT “El impacto de las Tecnologías de
la Información y la Comunicación (TICs) en las Ciencias
Biológicas 1980-2011”
Reunion informativa
Día: Lunes 04 de agosto de 2014
Hora: 10:00 am
Lugar: Laboratorio CIIB Edificio B de Biología Tercer Piso
Contacto
Dra. Layla Michán Aguirre
laylamichan@ciibunam.com
M. en C. Patricia Magaña Rueda
patricia@ciibunam.com
Biól. Diana Ramírez Álvarez
coordinacionbiodiversidad@ciibunam.com
Biól. Eduardo Alvarez López
eduardoalvarez@ciibunam.com
Edificio B de Biología Tercer Piso
Tel. 56228222 ext. 44707
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  • 1. Taller: Cienciometría, información e informática para Ciencias Biológicas Profesores: Dra. Layla Michán Aguirre M. en C. Patricia Magaña Rueda Biól. Diana Ramírez Álvarez Biól. Eduardo Alvarez López
  • 2.
  • 3. Disciplina científica especializada en caracterizar, estudiar, recolectar, sistematizar, preservar, curar, recuperar, clasificar, evaluar, procesar, compartir, usar, publicar, visualizar y analizar cualitativa y cuantitativamente por procesos computacionales la literatura biológica, los datos y los conocimientos asociados a ésta, de manera innovadora y óptima para la obtener nuevo conocimiento, resolver problemas y tomar decisiones. Informática Biológica
  • 4.
  • 5.
  • 6. Meta-análisis Manejo Recuperación Búsqueda Métodos Análisis de las Ciencias Biológicas Impacto de la revolución digital en biología Difundir •Estructura •Desarrollo •Tendencias •Métodos •Patrones •Relaciones Herramientas electrónicasBibliometría Análisis de redes Minería de textos Semántica Teorías
  • 7. Estudios métricos de la información
  • 8. Objetivo general El estudiante realizará una investigación de informática basado en el análisis cuantitativo y cualitativo de literatura biológica y los metadatos asociados para resolver un problema biológico en el área de biomedicina o biodiversidad, durante 2 años (4 niveles) de taller.
  • 9. Nivel I. Web para Bibliografía Nivel III. Meta-análisis de literatura Nivel II. Colecciones bibliográficas Nivel IV. Tesis
  • 10.
  • 11. Nivel Criterios I y II 95% Asistencia indispensable para presentar los exámenes 40% Dos exámenes parciales: uno teórico y uno práctico 40% Trabajo final (Revisión escrita y presentación oral del trabajo) 20% Tareas III 95% Asistencia indispensable para presentar los exámenes 30% Dos exámenes parciales: uno teórico y uno práctico 50% Trabajo final: tema de tesis tentativo (Revisión escrita y presentación oral del trabajo) 20% Tareas IV 95% Asistencia indispensable para presentar los exámenes 20% Dos exámenes parciales: uno teórico y uno práctico 60% Trabajo final: avance de tesis (pregunta documental, evaluación de colecciones, hipótesis, método establecido, resultados) 20% Presentación oral de los avances de tesis (Incluyendo resultados) Evaluación
  • 14. Creacion de colecciones de literatura en biodiversidad Conceptualización colecciones Estandarización y curación de información biodiversidad Establecimiento de metadatos Objetos digitales Análisis de la información en biodiversidad Estudios métricos de la información Obtención de indicadores bibliométricos Tendencias de investigación en biodiversidad Biodiversidad
  • 16. Estructuración de información biomédica Creación de tesauros Creación de catálogos Estándares en biomedicina Bases de datos biomédicas Creación de colecciones biomédicas Ciberinfraestructura en las bases de datos biomédicas Biomedicina
  • 17. ➢ Creación de tesauros farmacológicos. ➢ Identificación y modificación de plantilla de estándares para curación de datos farmacológicos. ➢ Diseño de estructura para datos farmacológicos. ➢ Adecuación de estándares internacionales a plantillas y catalogación de datos farmacológicos. ➢ Curación de datos biomédicos. ➢ Elaboración de vocabularios controlados para reacciones adversas y efectos secundarios para creación de calculadoras de posología. ➢ Análisis y tendencias de la literatura especializada en biomedicina. ➢ Análisis y recuperación de información de bases de datos biomédicas. ➢ Generación de competencias informacionales para profesionales, académicos y comunidad que utiliza información para ciencias biomédicas. Biomedicina
  • 18. ➢ Revisión de temas fármaco-fisio-cardiovasculares ➢ Revisión de patentes para cardiología ➢ Revisión bibliográfica sobre fármaco-fisio-cardiovasculares ➢ Revisión sobre la Superfamilia Conoidea ➢ Revisión de ○ Conotoxinas (Conidae) ○ Augertoxinas (Terebridae) ○ Turritoxinas (Turridae) ➢ Revisión bibliográfica sobre venenos de animales marinos ➢ Revisión de trabajos sobre Venómica de animales marinos ➢ Revisión bibliográfica de polimorfismos (SNP´s) mexicanos ○ Base de datos bibliográfica y SNP´s en cáncer Biomedicina
  • 19.
  • 20. Mineria de textos Se refiere al proceso de derivar información de alta calidad a partir de texto, por medio de la detección de tendencias y patrones cualitativa y cuantitativamente en documentos.
  • 21. Mineria de textos Obtención de patrones de reacciones adversas entre medicamentos oncológicos Minería de términos estructurados farmacológicos para la determinación de interacciones Descubrimiento de conocimiento basado en literatura de recursos no maderables de importancia forestal en México Análisis de la colección bibliográfica de la RSMHN por medio de la minería de textos
  • 22. Semántica terminología estructura INTEROPERABLES Integración de la información Integración de la terminología
  • 23. Semántica Las redes de relaciones como fuente de conocimiento, recuperado por web. ● Capa XML: se encuentra en el nivel inferior y es la que permitirá estructurar los datos. ● Capa RDF: es la capa siguiente, tiene a su cargo la definición de la semántica de los datos. ● Capa Ontology: luego viene la capa que define las relaciones entre los recursos. ● Capa Logical: es la capa superior y define las reglas y mecanismos para hacer inferencias sobre los datos. ● Capas Proof y Trust: ejecutan y evalúan juntas las reglas de la capa lógica para determinar la fiabilidad del recurso. Aquí es donde interviene la firma digital, el concepto de comercio seguro. TOMADO DE. Interacciones.com.ar, (2003). Web semántica, ontologias y rdf | Interacciones. [en línea] Disponible en: http://www.interacciones.com.ar/web-semantica-ontologias-y-rdf/ [Consultado 11 mayo 2014].
  • 24. Resultados En proceso de titulación 9 tesistas CIIB 2 tesistas en colaboración Actualmente 6 publicaciones CIIB 5 publicaciones en colaboración
  • 25. Apoyos Proyecto PAPIME “Web 2.0 y 3.0 para el dominio de la literatura biológica” Proyecto CONACYT “El impacto de las Tecnologías de la Información y la Comunicación (TICs) en las Ciencias Biológicas 1980-2011”
  • 26. Reunion informativa Día: Lunes 04 de agosto de 2014 Hora: 10:00 am Lugar: Laboratorio CIIB Edificio B de Biología Tercer Piso
  • 27. Contacto Dra. Layla Michán Aguirre laylamichan@ciibunam.com M. en C. Patricia Magaña Rueda patricia@ciibunam.com Biól. Diana Ramírez Álvarez coordinacionbiodiversidad@ciibunam.com Biól. Eduardo Alvarez López eduardoalvarez@ciibunam.com Edificio B de Biología Tercer Piso Tel. 56228222 ext. 44707 http://ciib.unam.mx:8080/