La resistencia andina contra los españoles estuvo liderada inicialmente por los generales atahualpistas como Manco Inca, quien reunió un poderoso ejército e intentó recuperar Cusco. Aunque logró cercar la ciudad, los refuerzos de Almagro permitieron a los españoles recuperarla. Posteriormente, la resistencia continuó desde Vilcabamba bajo líderes como Manco Inca, Sayri Túpac, Titu Kusi Yupanqui y Túpac Amaru I, aunque fueron engañados o asesinados