Trazando el origen de la Covid19 bioinformáticamente
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En colaboración con Granada Ciudad de la Ciencia os contamos un modo de entender el origen del Sars-CoV-2, el virus responsable de la enfermedad Covid-19, a través de los árboles filogenéticos y el DNA barcoding.
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- 17. https://bioinformaticsgrx.es Diseño de árbol filogenético Basado en DNA barcoding
- 18. https://bioinformaticsgrx.es DNA barcode son firmas génomicas Firma genómica: Un conjunto de medidas de un fragmento cualquiera de un genoma que identifique a un grupo de organismos, puesto que son constantes dentro de un grupo y diferentes de grupos alejados.(H. Joel Jeffrey, 1990)
- 19. https://bioinformaticsgrx.es TRABAJOS PREVIOS 1.- CGR. (H. Joel Jeffrey, 1990) Presentó un nuevo método de representar las secuencias del ADN. Su mecanismo se basa en la Teoría del Caos (Edward Lorenz, 1963). El resultado que forma este algoritmo arroja imágenes fractales como el famoso “triángulo de Sierpinski”:
- 20. https://bioinformaticsgrx.es TRABAJOS PREVIOS 1.- CGR. (H. Joel Jeffrey, 1990) Se forma marcando las esquinas de un cuadrado con cada nucleótido y partiendo del centro del cuadrado, vamos leyendo la cadena y marcamos un punto en el medio entre el punto anterior y la esquina con el nucleótido:
- 25. https://bioinformaticsgrx.es TRABAJOS PREVIOS 1.- CGR. (H. Joel Jeffrey, 1990) El algoritmo tiende a crear imágenes específicas de cada especie y constantes a lo largo del genoma
- 26. https://bioinformaticsgrx.es TRABAJOS PREVIOS 2.-FCGR. (P.J. Deschavanne,1999) Previamente crea la matriz donde irán los recuentos de k-mers “palabras de nucleótidos de tamaño k”. La firma es muy parecida a CGR pero reduce mucho el cálculo computacional permitiendo el procesamiento rápido de secuencias largas.
- 27. https://bioinformaticsgrx.es 2.- DNA barcodes(Zhou, F., Olman, V. & Xu, 2008) Tambien basado en las frecuencias de k-mers, dispone las permutaciones del k-mers en un eje y las ventanas del genoma
- 28. https://bioinformaticsgrx.es Código de barras de SARS-CoV-2A A A A A A A C G G G G Genoma 1-1000 pb Genoma 1001-2000 pb Permutaciones de K-mers G e n o m a DNA barcoding SARS cov 2. Recuento de K-mers con k=4 a lo largo de todo el genoma en ventanas de 1000 Pb
- 30. https://bioinformaticsgrx.es Diferencias por ventanas de 1000pb (covid-RaTG13) Se observa mayor desviación en los fragmentos entre 22000-24000 pb Genoma completo de SARS Cov 2 por ventanas de 1000 pb Diferencias con RATG13
- 36. https://bioinformaticsgrx.es ¿Qué sabemos realmente de la Covid19? Sars-Cov-2 Severe Acute Respiratory Syndrome Corona Virus 2 Cifras a 12 de Junio de 2020https://www.worldometers.info/coronavirus
- 37. https://bioinformaticsgrx.es ¿Se escapó de un laboratorio? ¿Es totalmente natural? ¿Intencionadamente? ¿Accidente? ¿Se diseñó? ¿Qué sabemos realmente del origen del Sars-Cov-2?
- 38. https://bioinformaticsgrx.es A nivel geográfico: Según la OMS: Huanan Seafood Market in Wuhan Sin embargo, 2 estudios publicados en dos de las revistas con mayor impacto en medicina, apuntan a otros epicentros
- 39. https://bioinformaticsgrx.es ¿Qué sabemos realmente del origen del Sars-Cov-2? 14 de 41 (34%) pacientes no están relacionados con el mercado. 1 de esos 14 tiene sus primeros síntomas descritos el 1/12/2019
- 40. https://bioinformaticsgrx.es ¿Qué sabemos realmente del origen del Sars-Cov-2? De los 425 primeros casos cuyos síntomas fueron descritos durante o antes de diciembre, el 45% (191) no tiene conexión directa con el mercado.
- 42. https://bioinformaticsgrx.es ¿Se escapó de un laboratorio? ¿Intencionadamente? ¿Accidente?
- 46. https://bioinformaticsgrx.es ¿Se diseñó? Luc Montaigner. Investigador Principal sobre SIDA: Premio Nobel Medicina en 2008 y Premio Príncipe de Asturias en 2000 Se apoyó en una investigación sin revisión y que fue retirada casi inmediatamente ¡El SARS-CoV-2 contiene secuencias introducidas del SIDA! ¿Accidente?
- 47. https://bioinformaticsgrx.es En resumen: 1) Compararon las secuencias que indicaba Montagnier con el genoma de todos los organismos conocidos. 2) Vieron que estaban extendidas entre otros coronavirus pero también en bacterias y animales. Sin embargo, no había o era muy baja la similitud con cepas del SIDA. ¿Es totalmente natural?
- 48. https://bioinformaticsgrx.es ¿Qué sabemos realmente de la Covid19? ¿Es totalmente natural? 96% identical 91% identical * 90.5% identical Si nos fijamos en los genomas * El sitio de unión, SPIKE, es prácticamente igual entre estos
- 52. https://bioinformaticsgrx.es Una vez conocidas las secuencias del SARS-CoV-2 se hicieron simulaciones informáticas sobre su unión con el receptor humano ACE2, y ninguna lo predice como óptima. Esto muestra que el origen de la Covid19 no puede derivar del conocimiento actual y que, por tanto, su origen es resultado de la selección natural. https://francis.naukas.com/2020/03/31/como-se-une-el-coronavirus-sars-cov-2 -al-receptor-ace2-de-la-celula-huesped/
- 53. https://bioinformaticsgrx.es https://nextstrain.org/ncov/global http://seqcovid.csic.es/nextspain/
- 55. https://bioinformaticsgrx.es ¡Muchas gracias! t.me/bioinformaticsGRX https://github.com/bioinformaticsGRX bioinformaticsgrx.slack.com (con invitación) @bioinfGRX Dónde encontrarnos: Déjanos tu opinión: https://tinyurl.com/trazando-orige-covid19 bioinformaticsgrx@gmail.com@bioinfGRX Próximamente: Jupyter Taller Estratificación Molecular del Lupus El 1 de Julio - Más detalles en nuestra web!