El SENASA mantiene sistemas de vigilancia fitosanitaria y zoosanitaria para proteger al país de plagas y enfermedades. Desarrolla programas nacionales de control de moscas de la fruta, control biológico y fiebre aftosa. Ejecuta programas de control integrado de langostas migratorias para reducir poblaciones mediante acciones de control integrado y evitar daños a la agricultura.