4. Ideología La línea de trabajo más conocida de Althusser tiene que ver con sus estudios de la ideología, y es Ideología y aparatos ideológicos de Estado su obra más conocida en este campo. Este ensayo establece el concepto de ideología, y lo relaciona con el concepto gramsciano de hegemonía. Si bien la hegemonía en Gramsci está en última instancia determinada por fuerzas políticas, el concepto althusseriano de ideología se apoya en los trabajos de Sigmund Freud y Jacques Lacan sobre lo imaginario y la fase del espejo, y describe las estructuras y los sistemas que nos permiten tener un concepto significativo del yo (moi en Lacan). Estas estructuras, según Althusser, son agentes represivos inevitables (y necesarios). Es bajo la influencia de Lacan que define la ideología como la representación de una relación imaginaria con las condiciones reales de existencia. Para Althusser la ideología es ahistórica, pues, igual que el inconsciente freudiano, es eterna. Ésto quiere decir, siempre habrá ideología. Para Althusser ésta no es una forma de "engañar" o de "conciencia falsa" sino más bien una relación normal de individuos con la sociedad. La ideología, como ya vimos, es la relación imaginaria (sucede en la mente) de los sujetos con sus relaciones sociales.
5. Filosofía Otros trabajos de Althusser incluyen el volumen colectivo Para leer El Capital (en francés: Lire Le capital 1965), el cual consiste en un intenso trabajo de relectura, en clave estructuralista, de El Capital, la obra más importante de Karl Marx. En la edición española el libro está dividido en dos partes; en la primera de ellas Althusser realiza una fuerte crítica a la lectura de El Capital de forma empirista, y en general, a toda forma de empirismo que ataque las ciencias. En la segunda parte EtienneBalibar analiza el objeto teórico de El Capital y la teoría de la transición de una sociedad a otra que hay allí. En la recopilación de ensayos La revolución teórica de Marx (en francés: Pour Marx 1965), Althusser intenta establecer una periodización estricta de la obra de Marx, separando al Marx maduro, "marxista", del Marx de juventud, aún bajo la fuerte influencia idealista de Hegel y Feuerbach. Esta periodización ha sido sometida a fuertes críticas por el pensamiento marxista posterior, que ha intentado revalorizar el pensamiento político del primer Marx. Quizá la tesis central de toda la filosofía de Althusser es que la historia es un proceso sin sujeto ni fines cuyo motor son las fuerzas productivas (y la lucha de clases determinada por ellas). La historia no tiene sentido. Para Althusser todos somos sujetos, y en calidad de éstos, marionetas de la historia, pero esta historia no es movida por alguien, lo que desemboca en su famosa tesis de que todos somo marionetas de algo que no va a ningún lado, de algo sin sentido.
6. Otra famosa tesis de Althusser en filosofía es que, al contrario de lo que comúnmente se piensa, la filosofía siempre viene después de la ciencia. Esta tesis rechaza que la filosofía haya sido la madre de todas las ciencias, sino que, más bien, la filosofía es la hija de las ciencias. Esto quiere decir, la filosofía no es una ciencia, sino una reacción a las ciencias en el campo teórico. De esta forma, la matemática (Tales de Mileto) engendró la filosofía de Platón, la física (Galileo) engendró la filosofía de Descartes, la ciencia de la historia (Marx) engendró su propia filosofía y el psicoanálisis (Freud) comienza hasta ahora a engendrar su propia filosofía. Lo interesante de este proceso es que la filosofía marxista, engendrada por la ciencia de la historia es, para Althusser, "correcta", (no verdadera, pues la filosofía no dice verdades, no es una ciencia, sino una ideología), ésto quiere decir, la filosofía se ubica correctamente en posiciones que defiendan a las ciencias ya que la ciencia de la historia le permite el conocimiento científico de la producción filosófica e ideológica, le permite, el conocimiento científico de la producción de sí misma. En esto consiste "la inmensa revolución teórica de Marx". Menos conocidos son sus trabajos sobre Maquiavelo, Spinoza, Montesquieu y Rousseau. Algunos de los estudiantes y camaradas de Althusser se volvieron posteriormente intelectuales eminentes: Jacques Derrida, EtienneBalibar, Alain Badiou, Marta Harnecker, Jacques Rancière y Pierre Macherey.