Bioquímica I libre

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Temas esenciales al inicio del estudio de la Bioquimica.

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Bioquímica I libre

  1. 1. Bioquímica<br />
  2. 2. Definición<br />La bioquímica es una ciencia que estudia composición química de los seres vivos, especialmente las proteínas, carbohidratos, lípidos y ácidos nucleicos, además de otras pequeñas moléculas presentes en las células y las reacciones químicas que sufren estos compuestos que les permiten obtener energía y generar biomoléculas propias. La bioquímica se basa en el concepto de que todo ser vivo contiene carbono y en general las moléculas biológicas están compuestas principalmente de carbono, hidrógeno, oxígeno, nitrógeno, fósforo y azufre. Es la ciencia que estudia la base química de la vida: las moléculas que componen las células y los tejidos, que catalizan las reacciones químicas del metabolismo celular como la digestión, la fotosíntesis y la inmunidad, entre otras.<br />Wikipedia<br />
  3. 3. Definición<br />La bioquímica pregunta cómo surgen las notables propiedades de los seres vivos a partir de la unión e interacción de miles de biomoléculas inanimadas diferentes.<br />Cuando dichos componentes son analizados aisladamente se ciñen completamente a todas las leyes fisicoquímicas que describen el comportamiento de la materia inanimada.<br />Lo mismo aplica para todos los procesos que ocurren en los organismos vivos<br />Fund de Bioq.<br />Lehninger 5 Ed<br />
  4. 4. Definición<br />La bioquímica describe en términos moleculares las estructuras, mecanismos, y procesos químicos compartidos por seres vivos y descubre los “principios organizacionales” que subyacen la vida en su diversidad de formas.<br />Fund de Bioq.<br />Lehninger 5 Ed<br />
  5. 5. Historia<br />Sus raíces datan de finales del siglo XVIII<br />Término “Bioquímica” (Neumberg, 1903)<br />Ciencias contribuyentes:<br />Química orgánica<br />Fisicoquímica<br />Biología general<br />Microbiología<br />Fisiología<br />
  6. 6. Historia<br />La bioquímica ha cumplido una función destacada en la comprensión de las causas moleculares de numerosas enfermedades.<br />Desarrollo de técnicas diagnósticas.<br />Descubrimiento o diseño de agentes farmacéuticos para tratamiento.<br />
  7. 7. Historia<br />Siglo XVIII - KarleScheele:<br />Aislamiento de algunos compuestos: <br />Glicerina (de aceites vegetales)<br />Caseína (leche)<br />Acidos cítrico, láctico, málico, tartárico y úrico.<br />LazaroSpallanzani<br />La digestión de proteínas en el estómago puede ser reproducida in vitro usando “ciertas sustancias gástricas”.<br />Siglo XIX – JonsBerzelius & JustusLiebig<br />Demostraron la “significativa” presencia de Carbono en la compuestos aislados por Scheele. (pueden ser sintetizados?)<br />Primeras evidencia de:<br />El carácter “material” de los compuestos componentes de los seres vivos<br />La similitud entre compuestos de especies distintas.<br />
  8. 8. Historia<br />Siglo XIX – FiedrichWohler, Adolf Kolh, MarcellinBerthelot<br />Sintesis de numerosos compuestos biológicos a partir de compuestos inorgánicos.<br /> Vitalismo<br />
  9. 9. Contribuciones Importantes<br />
  10. 10. Propiedades de los Seres Vivos<br />Crecimiento<br />Movimiento<br />Metabolismo<br />Respuesta a estímulos<br />Auto replicantes<br />Su constitución molecular puede ser descrita y entendida.<br />Su química se ciñe a las propiedades de las reacciones orgánicas<br />
  11. 11. Propiedades distintivas<br />Gran complejidad y altísima organización<br />
  12. 12. Propiedades distintivas<br />Gran complejidad y altísima organización<br /><ul><li>Compuestos por estructuras biológicas que cumplen propósitos funcionales
  13. 13. Están activamente comprometidos en eventos de transformación de energía</li></li></ul><li>Pirámide Alimenticia<br />Estado estacionario / Equilibrio dinámico<br />
  14. 14. Fuentes de energía<br />Los organismos pueden clasificarse de acuerdo con la fuente de carbono para la síntesis del material celular.<br />
  15. 15. Compuestos energéticamente importantes<br />Formas de energía químicamente útiles<br />(acoplamiento químico)<br />
  16. 16. Propiedades distintivas<br />Gran complejidad y altísima organización<br /><ul><li>Compuestos por estructuras biológicas que cumplen propósitos funcionales
  17. 17. Están activamente comprometidos en eventos de transformación de energía
  18. 18. Tienen una notable capacidad de auto-replicación</li></li></ul><li>Auto-replicación<br />
  19. 19. Propiedades distintivas<br />Gran complejidad y altísima organización<br /><ul><li>Compuestos por estructuras biológicas que cumplen propósitos funcionales
  20. 20. Están activamente comprometidos en eventos de transformación de energía
  21. 21. Tienen una notable capacidad de auto-replicación
  22. 22. Una historia evolutiva de cambio</li></li></ul><li>Evolución<br />
  23. 23. Dominios de la Vida<br />
  24. 24. Fundamentos celulares<br />La células son el fundamento estructural y funcional de todos los seres vivos<br />Células Procariotas<br />
  25. 25. Teoría Endosimbiótica<br />El sistema simbiótico metaboliza aeróbicamente. Algunos genes bacterianos se trasladan al núcleo y los endosimbiontes se convierten en mitocondrias.<br />El metabolismo anaeróbico es ineficiente porque el combustible no es completamente oxidado<br />Eucariotas ancestrales engolfan bacterias que se multiplican en su interior.<br />Las cianobacterias engolfadas se convierten en endosimbiontes y se multiplican; la nueva célula es capaz de prducir ATP usando la energía de la luz solar<br />El metabolismo aeróbico es eficiente porque el combustible es oxidado a CO2.<br />Con el tiempo, algunos genes cianobacterianos se mueven al núcleo y los endosimbiontes se convierten en plastidios (cloroplastos).<br />Se utiliza la energía de la luz para producir moléculas de CO2.<br />
  26. 26. Estructura de las Células Eucarióticas<br />
  27. 27. Estudio de componentes celulares<br />Centrifugación<br />Diferencial<br />Centrifugación<br />Isopícnica<br />
  28. 28. Estructura jerárquica en la organización molecular<br />
  29. 29. Biomoléculas<br />Son compuestos de Carbono con una variedad de grupos funcionales.<br />
  30. 30. Biomoléculas<br />Son compuestos de Carbono con una variedad de grupos funcionales.<br />
  31. 31. Versatilidad de las estructuras a base de Carbono<br />
  32. 32. Grupos Funcionales<br />
  33. 33. Grupos Funcionales<br />Varios grupos funcionales comunes en una sola biomolécula. La Acetil-coenzima A (Acetil-CoA) es un transportador de grupos acetilo en algunas reacciones enzimáticas.<br />
  34. 34. Quiralidad<br />
  35. 35. Tipos de biomoléculas<br />
  36. 36. FIGURA 1.7<br />Estructura de la met-encefalina, un pentapéptido<br />La met-encefalina pertenece a una clase de moléculas que poseen actividad de tipo opiácea. La met-encefalina se encuentra en el cerebro e inhibe la percepción del dolor.<br />(Los enlaces peptídicos están sombreados en color azul. Los grupos R están destacados en color amarillo.)<br />
  37. 37. FIGURA 1.8<br />Estructura polipeptídica<br />Al plegarse un polipéptido en su estructura tridimensional única, cuando menos 50% de los grupos R más hidrófobos (esferas amarillas) quedan enterrados en el interior lejos del agua. Los grupos hidrófilos en general se encuentran en la superficie.<br />
  38. 38. FIGURA 1.9<br />Ejemplos de algunos monosacáridos de importancia biológica<br />La glucosa y la fructosa son fuentes importantes de energía en los animales y en las plantas. La ribosa y la desoxirribosa son componentes de los ácidos nucleicos. Estos monosacáridos se encuentran en la naturaleza en forma de estructuras anulares.<br />
  39. 39. FIGURA 1.10<br />Estructura de los ácidos grasos<br />(a) Ácido graso saturado; (b) ácido grasoinsaturado.<br />
  40. 40. FIGURA 1.11<br />Moléculas lipídicas que contienen ácidos grasos<br />(a) Triacilglicerol; (b) fosfatidilcolina, una clase de fosfoglicérido.<br />
  41. 41. FIGURA 1.12<br />Estructura de los nucleótidos<br />Cada nucleótido contiene una base nitrogenada (en este caso, adenina), un azúcar pentosa (ribosa), y uno o varios fosfatos. Este nucleótido es el trifosfato de adenosina.<br />
  42. 42. FIGURA 1.13<br />Bases nitrogenadas<br />(a) Purinas y (b) pirimidinas.<br />
  43. 43. FIGURA 1.14<br />DNA<br />(a) Vista esquemática del DNA. Los esqueletos de azúcar-fosfato de la doble hélice están representados por cintas coloreadas. Las bases unidas al azúcar desoxirribosa están en el interior de la hélice. (b) Vista ampliada de dos pares de bases. Obsérvese que las dos cadenas de DNA van en direcciones opuestas<br />definidas por los grupos 59 y 39 de la desoxirribosa. Las bases en las cadenas opuestas forman pares debido a los enlaces de hidrógeno. La citosina siempre se aparea con la guanina y la timina siempre se aparea con la adenina.<br />
  44. 44. BiomoléculasPropiedades - Función<br />Las Biomoléculas tiene direccionalidad (polaridad estructural)<br />
  45. 45. BiomoléculasPropiedades - Función<br />Las Biomoléculas tiene direccionalidad (polaridad estructural)<br />La secuencia de unidades monoméricas tiene el potencial de contener información.<br />
  46. 46. BiomoléculasPropiedades - Función<br />Las Biomoléculas tiene direccionalidad (polaridad estructural)<br />La secuencia de unidades monoméricas tiene el potencial de contener información.<br />Tienen arquitecturas tridimensionales características.<br />
  47. 47. BiomoléculasPropiedades - Función<br />Experimentan fuerzas débiles que mantienen las estructuras, restringen el rango de condiciones ambientales compatibles y determinan las interacciones con otras moléculas.<br />
  48. 48. BiomoléculasPropiedades - Función<br />Experimentas fuerzas débiles que mantienen las estructuras, restringen el rango de condiciones ambientales compatibles y determinan las interacciones con otras moléculas.<br />La complementariedad estructural determina también el reconocimiento con otras moléculas<br />
  49. 49. Tipos de Reacciones en los sistemas biológicos<br />
  50. 50. FIGURA 1.15<br />Ejemplo de sustitución nucleofílica<br />En la reacción de la glucosa con el ATP, el oxígeno del hidroxilo de la glucosa es el nucleófilo. El átomo de fósforo (el electrófilo) es polarizado por el oxígeno enlazado, de forma que lleva una carga positiva parcial. Al producirse la reacción, el par de electrones sin compartir del CH2OH del azúcar ataca al fósforo, dando lugar a la expulsión del ADP, el grupo saliente.<br />
  51. 51. FIGURA 1.16<br />Reacción de hidrólisis<br />La hidrólisis del ATP se utiliza para impulsar una sorprendente diversidad de reacciones bioquímicas que requieren energía.<br />
  52. 52. FIGURA 1.17<br />Reacción de eliminación<br />Cuando se deshidrata el 2-fosfoglicerato se forma un doble enlace.<br />
  53. 53. FIGURA 1.18<br />Reacción de adición<br />Cuando se añade agua a una molécula que contiene un doble enlace, como el fumarato, se produce un alcohol.<br />
  54. 54. FIGURA 1.19<br />Reacción de isomerización<br />Una clase de reacción bioquímica que se observa con frecuencia es la interconversión reversible de los isómeros de aldosa y cetosa.<br />
  55. 55. FIGURA 1.20<br />Una vía bioquímica<br />En esta vía bioquímica de tres pasos la biomolécula A es convertida en la biomolécula D en tres reacciones sucesivas. Cada reacción es catalizada por una enzima específica (E).<br />
  56. 56. UNIDAD 1: Introducción a la bioquímica<br />1.4 ¿Es la célula viva una fábrica de productos químicos?<br />Inicio<br />FIGURA 1.21<br />Anabolismo y catabolismo<br />En los organismos que utilizan oxígeno para generar energía, las vías catabólicas transforman los nutrientes en moléculas pequeñas que son materiales de partida. La energía (ATP) y el poder reductor (NADPH) que impulsan las reacciones de biosíntesis se generan durante los procesos catabólicos al convertirse determinadas moléculas nutrientes en productos de desecho como el dióxido de carbono y el agua.<br />
  57. 57. UNIDAD 1: Introducción a la bioquímica<br />1.5 Biología de Sistemas<br />Inicio<br />FIGURA 1.22<br />Mecanismos de retroalimentación<br />(a) Retroalimentación negativa. Conforme se acumulan moléculas del producto, se unen a una enzima de la vía e inhiben su actividad.<br />El resultado es un decremento en la generación del producto. (b) Retroalimentación positiva. Conforme se acumulan moléculas del producto, estimulan una enzima de la vía, con lo que inducen una mayor velocidad de<br />síntesis del producto.<br />
  58. 58. El Agua<br />Estructura<br />Carácter dipolar<br />Red ordenada en estado sólido<br />
  59. 59. El Agua<br />Interacciones Moleculares<br />Cada molécula esta conectada con las demás conformando una red tridimensional fluida de puentes de H, en la cual, a nivel local existe una preferencia por la geometría tetraédrica.<br />Propiedades como solvente<br /> Forma cubiertas de solvatación dinámicas alrededor de iones o moléculas cargadas.<br />Constante dieléctrica alta<br />La tendencia de las moléculas de agua a interactuar con iones es mucho mayor que la interacción electrostática entre iones con cargas opuestas.<br />C1 x C2<br />F=<br />Dr2<br />
  60. 60. Constantes dieléctricas de algunos solventes comunes a 25°C<br />* También se conoce este parámetro como permisividad relativa .<br />
  61. 61. El Agua<br />Interacciones hidrofóbicas<br /> Las sustancias que no interactúan con el agua son excluidas de la red en favor del aumento de entropía.<br />Formación de puentes de H con solutos polares<br />Algunos solutos compatibles son: Hidroxilos, aminas, carbonilos , alcoholes, etc.<br />
  62. 62. Disolución: Aumento de Entropía<br />ΔG = ΔH - TΔS<br />El agua disuelve muchas sales cristalinas mediante la hidratación de sus iones componentes. La red cristalina del NaCl es distorsionada en la medida que las moléculas de H2O se aglutinan alrededor del Na+ y del Cl-. Las cargas iónicas son neutralizadas parcialmente y se debilitan las atracciones electrostáticas del cristal.<br />
  63. 63. El Agua<br />Interacción con moléculas anfipáticas<br />
  64. 64. El Agua<br />La liberación de la red ordenada favorece la formación de los complejos enzima sustrato. El aumento de entropía resultante provee un empuje termodinámico para la formación del complejo Enzima/Sustrato.<br />
  65. 65. El Agua: Ionización<br />
  66. 66. El Agua: Ionización<br />
  67. 67. El Agua: Ionización<br />
  68. 68. termodinámica<br />
  69. 69. Conceptos básicos<br />Si ignorar su complejidad, los seres vivos pueden considerarse como sistemas fisicoquímicos que interactúan con sus alrededores.<br />M<br />Sistemas:<br /><ul><li>Aislados
  70. 70. Abiertos
  71. 71. Cerrados</li></ul>Sistemas:<br /><ul><li>Aislados
  72. 72. Abiertos
  73. 73. Cerrados</li></ul>C<br />Sistema<br />Universo termodinámico<br />Un universo está formado por un sistema (la porción del universo que tomamos como objeto de estudio) y su entorno.<br />
  74. 74. Definición<br />Termodinámica: Es una teoría que describe la energética de la materia con una visión macroscópica. El comportamiento de la materia sujeta a cambios de temperatura y presión.<br />Bioenergética (Termodinámica bioquímica): El estudio de los cambios de energía asociados a las reacciones bioquímicas.<br />La Energía del Universo es constante<br />La Entropía del Universo siempre está en aumento.<br />
  75. 75. Conceptos básicos<br />Representación de una célula viva en forma de sistema termodinámico<br />Las moléculas de la célula y su entorno se encuentran en un estado relativamente desordenado. <br />La célula libera calor como consecuencia de las reacciones que crean orden entre las moléculas del interior de la célula. Esta energía aumenta el movimiento aleatorio y, por lo tanto, el desorden de las moléculas fuera de la célula. El proceso produce una variación neta de entropía positiva. El descenso de entropía de la célula se compensa con creces por un aumento de la entropía del entorno.<br />
  76. 76. Conceptos básicos<br />Estado de un Sistema<br />Es el conjunto de propiedades que permiten definirlo.<br />Temperatura<br />Presión <br />Volumen<br />Energía interna (U)<br />Entalpía<br />Energía libre de Gibbs<br />Funciones de Estado<br />Propiedades relacionadas con cambios en un sistema que solo dependen de los estados inicial y final del mismo durante un proceso.<br />
  77. 77. Conceptos básicos<br />Con el conocimiento de la termodinámica podemos determinar si es posible que ocurra un proceso físico.<br />Por qué se pliegan las macromoléculas a sus conformaciones nativas?<br />Cómo están diseñadas las rutas metabólicas?<br />Cómo ciertas moléculas puedes travesar las membranas biológicas?<br />Cómo generan los músculos fuerza mecánica?<br />La Termodinámica no indica las velocidades a las cuales los proceso ocurren. Solo si existe energía suficiente para que ocurran.<br />Con referencia a la bioquímica la termodinámica describe bajo cuáles condiciones los proceso pueden tener lugar espontáneamente. <br />
  78. 78. Primera ley<br />“La energía total de un sistema y sus alrededores es constante”<br />Si durante un proceso un sistema intercambia calor con sus alrededores ejecuta un trabajo sobre ellos.<br />Δw = Trabajo ejercido por el sistema sobre sus alrededores.<br />Δq = Cantidad de calor absorbido por el sistema desde el entorno.<br />Procesos endotérmicos (Δq > 0)<br />Procesos exotérmicos (Δq < 0)<br />
  79. 79. A volumen y presión constantes<br />Primera ley<br />Entalpía (H)<br />Magnitud termodinámica de un cuerpo físico o material equivalente a la suma de su energía interna más el producto de su volumen por la presión exterior<br />Es el contenido de calor de un sistema, en julios. El cambio de entalpía durante un proceso se relaciona con el cambio de energía interna así:<br />
  80. 80. Entalpía (H) Ley de Boyle:<br />ΔH = ΔU + PΔV PΔV = ΔnRT<br />Primera ley<br />Glucosa<br />ΔH = ΔU = -2,9 x 10-3 kJ/mol<br />Acido esteárico<br />ΔH = ΔU + P ΔV = ΔU + (ΔnRT) = -11,38 x 10-3 kJ/mol<br />
  81. 81. 3 Glucosa<br />18 carbonos<br />1 Ácido esteárico<br />-2,9 x 10-3 kJ/mol<br />-11,38 x 10-3 kJ/mol<br />
  82. 82. Segunda ley<br />“La entropía total de un sistema y sus alrededores siempre se incrementa para los procesos espontáneos”<br />La entropía (S) es un índice del desorden o aleatoriedad en un sistema. Puesto que el universo tiene al incremento de “S”, este aumento durante un proceso se refleja en una mayor espontaneidad del mismo.<br />RudolfClasius<br />Procesos reversibles / Procesos irreversibles<br />ΔS = Δq/T ΔS > Δq/T<br />final<br />ΔS>= ∫<br />dq<br />T<br />inicial<br />
  83. 83. Entropía<br />Hielo (< 0°C)<br />Agua (0 - 100°C)<br />Ebullición (100°C)<br />
  84. 84. orden = desorden<br />Progresión mas probable?<br />
  85. 85. Espontaneidad?<br />Si bien los procesos que involucran ΔH < 0 tiende a ser espontáneos, al igual que aquellos que involucran ΔS > 0, existen procesos como el plegamiento de algunas proteínas que ocurre espontáneamente aun cuando involucran un ΔS < 0, como el plegamiento de ciertas proteínas.<br />
  86. 86. Espontaneidad?<br />En otros proceso puede haber un aumento de entropía (ΔS > 0) que ocurre con la concomitante absorción de calor desde los alrededores <br />(ΔH > 0).<br />Ej. <br />Transicion: Hielo , agua, vapor<br />
  87. 87. G = H – T S ΔG = ΔH - T ΔS<br />Un proceso es espontáneo si:<br />ΔG < 0<br />La energía libre de Gibbs (ΔG) denota el trabajo máximo disponible cuando ocurre un proceso, descontando el trabajo que el sistema hace en relación con cambios de presión y de volumen.<br />Procesos endergónicos (ΔG > 0)<br />Procesos exergónicos (ΔG < 0)<br />Energía libre de Gibbs<br />
  88. 88. Variación de la espontaneidad de la reacción.<br />
  89. 89. Acoplamiento<br />Los valores ΔG de reacciones acopladas son aditivos<br />
  90. 90. Acoplamiento<br />Acoplamiento directo<br />Acoplamiento indirecto<br />
  91. 91. ΔG y Concentración<br />Keq<br />A +B C + D<br />Keq<br />

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